Система правления, установленная Иэясу, иногда называется системой бакухан (бакуфу-княжества). Система управления включала два основных политических механизма: сёгунат Токугава и подчиненные ему княжества (хан) во главе с даймё. Сёгунат редко напрямую вмешивался во внутренние дела княжеств, предоставляя даймё некоторую автономию, однако строго следили за тем, чтобы все даймё приносили каждому сёгуну вассальную клятву, соглашаясь следовать определенным основным правилам, таким как поддержание порядка на своих землях, предоставление военной помощи по запросу сёгуната, участие в содержании крепостей сёгунов, императорских дворцов и общественных зданий, с предоставлением для этого финансовой помощи, строительных материалов и рабочей силы. Если результаты их деятельности не удовлетворяли сёгуна, даймё могли перевести в менее выгодные владения или вовсе лишить княжества. Будучи верховным военачальником воинского сословия Японии, сёгун, в свою очередь, обязывался поддерживать закон и порядок на территории своей страны, равно как и контролировать иностранную торговлю и дипломатические отношения. Для выполнения этих функций сёгунат создал институции для трех важнейших сфер: администрирования, внешней политики и управления подданными. Кроме того, эти институции контролировали возможное возникновение властных центров, которые угрожали предыдущим режимам, таких как Императорский двор, буддийские храмы и особенно кланы других даймё, которые представляли наибольшую опасность, поскольку в их руках все еще была военная и экономическая власть. У сёгуната не было абсолютного доминирования в военной силе: из 200 000 самураев в Японии войска Токугавы насчитывали около 60 000. Таким образом, власть Токугава держалась на поддержке, оказываемой остальными даймё.