Для корректной интерпретации результатов рекомендовано в направление для генетического тестирования включать оптимальное количество клинической информации. Цель исследования должна быть четко определена (например, подтверждение диагноза, установленного другими методами, дифференциальная диагностика нескольких заболеваний, тестирование носительства, пренатальное тестирование). Этническая принадлежность/национальность индивида, родословная, составленная генетиком, и другая дополнительная информация может быть указана при необходимости. Рекомендовано на каждого неродственного пациента заполнять отдельное заключение в целях сохранения конфиденциальности. Однако в случае рецессивных заболеваний, когда для пары имеется риск рождения больного ребенка, необходимо, чтобы оба индивида были обследованы одновременно. Если члены одной семьи обследуются одновременно, вопрос о заполнении индивидуальных или общих заключений зависит от заболевания, цели обращения и т.д.

Рекомендовано, чтобы заключение генетического обследования включало следующие разделы:

1. Административный

• Название (например: Результат молекулярно-генетического исследования CFTR-гена)

• Название лаборатории, выполняющей исследование и заполняющей заключение, и контакты

• Дата заполнения заключения

(Следует указать номера и общее число страниц, если заключение состоит из нескольких страниц (например, 1/3))

• Ф.И.О. и полный адрес врача, направившего пациента на исследование.

2. Идентификация обследуемого индивида и образца

• Фамилия, имя, отчество (полностью)

• Дата рождения (полностью)

• Пол

• Исследуемый материал (ДНК, выделенная из…, кровь с ЭДТА, биоптат…, культивированные амниоциты, клетки ворсин хориона и т.д.)

• Состояние образца (заморожен, гемолизирован и т.д.)

3. Цели исследования

Изложение цели исследования должно включать по крайней мере три аспекта:

• наименование заболевания или маркеры, которые были протестированы (например, муковисцидоз)

• тип тестирования (например, подтверждение диагноза, определение статуса носительства, пренатальная диагностика и т.д.)

• причина назначения тестирования (например, семейная история муковисцидоза)

4. Спецификация генетического тестирования

• названия использованных методов исследования

• список протестированных мутаций, ДНК-маркеров, при секвенировании – исследованные регионы гена, референсная последовательность

• если использован коммерческий набор, его название и версия

• чувствительность метода в популяции, из которой происходит обследуемый индивид, если это возможно

5. Результат

Результат должен быть ясно представлен в однозначной форме. Если проведено несколько исследований, каждый результат следует представлять отдельно. Не следует использовать термины «положительный» и «отрицательный», так как они могут быть истолкованы неоднозначно.

Для обозначения выявленных генетических вариантов следует использовать номенклатуру и референсную последовательность, рекомендуемую HGVS (Human Genome Variation Society). Поскольку номенклатура и рекомендуемая референсная последовательность со временем меняются, необходимо использовать также традиционные обозначения мутаций, в скобках указывая их.

Если выявлено более одного патогенного генетического варианта, следует указывать фазу сцепления (если она известна).

6. Интерпретация результата

Согласно рекомендациям Комитета по контролю качества ESHGQ [53], лабораторное заключение должно содержать информацию, которая позволила бы врачам-генетикам осуществить клиническую интерпретацию результата исследования с использованием литературных ресурсов (например, описан ли обнаруженный миссенс-вариант в базах данных, к какому классу относится, известно ли его клиническое значение; в случае необходимости можно рекомендовать проведение генеалогического/семейного исследования).

Литература

1. http://www.genet.sickkids.on.ca/cftr

2. Castellani C., Cuppens H., Macek M., Jr., et al. Consensus on the use and interpretation of cystic fibrosis mutation analysis in clinical practice. J. Cyst. Fibros. 2008 May; 7 (3): 179-196.

3. Pettit R.S. Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator–Modifying Medications. Ann Pharmacother. 2012 Jul-Aug; 46 (7-8): 1065-1075.

4. Zielenski, J. Genotype and phenotype in cystic fibrosis. Respiration. 2000; 67 (2): 117-133.

5. Mishra A., Greaves R., Massie J.. The relevance of sweat testing for the diagnosis of cystic fibrosis in the genomic era. Clin. Biochem. Rev. 2005 Nov; 26 (4): 135-153.

6. Pettit R.S., Fellner C. CFTR Modulators for the Treatment of Cystic Fibrosis. P&T®. 2014 Jul; 39 (7): 500-511.

7. Griesenbach U., Alton E.W. Recent advances in understanding and managing cystic fibrosis transmembrane conductance regulator dysfunction. F1000 Prime Rep. 2015 May 27; 7: 64. (http://f1000.com/prime/ reports/m/7/64).

8. Marson F.A., Bertuzzo C.S., Ribeiro J.D. Classification of CFTR mutation classes Lancet Respir Med. 2016 Aug; 4 (8): e37-8.

9. De Boek K., Amaral M.D. Progress in therapies for cystic fibrosis lancet Respir Med. 2016 Aug; 4 (8): 662-74.

10. Borowitz D., Durie P.R., Clarke L.L., et al. Gastrointestinal outcomes and confounders in cystic fibrosis. J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 2005 Sep; 41 (3): 273-285.

11. Ahmed N., Corey M., Forstner G. et al. Molecular consequences of cystic fibrosis transmembrane regulator (CFTR) gene mutations in the exocrine pancreas. Gut. 2003 Aug; 52 (8): 1159-1164.

12. Koch C., Cuppens H., Rainisio M., et al. European Epidemiologic Registry of Cystic Fibrosis (ERCF): comparison of major disease manifestations between patients with different classes of mutations. Pediatr Pulmonol. 2001 Jan; 31 (1): 1-12.

13. Koch C. Early Infection and Progression of Cystic Fibrosis Lung Disease. Pediatr Pulmonol. 2002 Sep; 34 (3): 232-236.

14. Smyth A.R., Bell S.C., Bojcin S. et al. European Cystic Fibrosis Society Standards of Care: Best Practice guidelines. J. Cyst. Fibros. 2014 May; 13 Suppl. 1: S23-42.

15. http://www.cftr2.org

16. Richards S., Aziz N., Bale S., et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015. May; 17 (5): 405-424.

17. Wallis Y., Payne S., McAnulty C., et al. Practice Guideline for the Evaluation of Pathogenicity and the Reporting of Sequence Variants in Clinical Molecular Genetics. Available at https://www.acgs.uk.com

18. Clinical Genomics. A Guide to Clinical Next Generation Sequencing. Edited by S. Kulkarni, J. Pfeifer. Elsevier Inc., Academic Press, London, UK, 2015, p. 470. ISBN: 978-0-12-404748-8.

19. Quintáns B., Ordóñez-Ugalde A., Cacheiro P., et al. Carracedo, A., Sobrido, M.J. Medical genomics: The intricate path from genetic variant identification to clinical interpretation. Appl. Transl. Genom. 2014 Jun 16; 3 (3): 60-67.

20. Kerem E., Conway S., Elborn S., Heijerman H. Standards of care for patients with cystic fibrosis:a European consensus. J. Cyst. Fibros. 2005 Mar; 4 (1): 7-26.

21. Farrell P.M., Rosenstein B.J., White T.B., et al. Guidelines for diagnosis of cystic fibrosis in newborns through older adults: Cystic Fibrosis Foundation consensus report. J. Pediatr. 2008 Aug; 153 (2): S4-S14.

22. De Boeck K., Wilschanski M., Castellani C.J., et. al. Cystic fibrosis: terminology and diagnostical gorithms. Thorax. 2006 Jul; 61 (7): 627-635.

23. Bombieri C., Claustres M., De Boeck K .et al. Recommendations for the classification of diseases as CFTR-related disorders. J. Cyst. Fibros. 2011 Jun; 10 Suppl 2: S86-102.

24. Munck A., Mayell S.J., Winters V. Cystic Fibrosis Screen Positive, Inconclusive Diagnosis (CFSPID): A new designation and management recommendations for infants with an inconclusive diagnosis following newborn screening. J. Cyst. Fibros. 2015 Nov; 14 (6): 706-713.

25. Ooi C.Y., Castellani C., Keenan K. et al. Inconclusive diagnosis of cystic fibrosis after newborn screening. Pediatrics. 2015. Jun; 135 (6): e1377-85.

26. World Health Organization. Classification of cystic fibrosis and related disorders, Report of a Joint Working Group of WHO/ICF(M)A/ECFS/ECFTN, 2001. J. Cyst. Fibros. 2002 Mar; 1 (1): 5-8.

27. LaRusch J., Jung J., General I.J., et al. Mechanisms of CFTR functional variants that impair regulated bicarbonate permeation and increase risk for pancreatitis but not for cystic fibrosis. PLoS Genet. 2014. Jul. 17; 10 (7): e1004376.

28. Witt H. Chronic pancreatitis and cystic fibrosis. Gut. 2003 May; 52 Suppl. 2: ii31-41.

29. Pettit R.S., Fellner C. CFTR Modulators for the Treatment of Cystic Fibrosis. P T. 2014 Jul; 39 (7): 500-511.

30. Кондратьева Е.И. Инновационные методы терапии муковисцидоза. Врач. 2016, №2: 77-81.

31. Mall M., Grubb B.R., Harkema J.R., O’Neal W.K., Boucher R.C. Increased airway epithelial Na⁺ absorption produces cystic fibrosis-like lung disease in mice. Nat. Med. 2004 May; 10 (5): 487-493.

32. Sheridan M.B., Fong P., Groman J.D., et al. Mutations in the beta subunitof the epithelial Na⁺ channel in patients with a cystic fibrosis-like syndrome. Hum. Mol. Genet. 2005. Nov. 15; 14 (22): 3493-3498.

33. Gallati S. Disease-modifying genes and monogenic disorders: experience in cystic fibrosis. Appl. Clin. Genet. 2014. Jul. 10; 7: 133-146.

34. Красовский С.А., Каширская Н.Ю., Черняк А.В. и др. Генетическая характеристика больных муковисцидозом в Российской Федерации по данным Национального регистра (2014 г.). Пульмонология. 2016; 26 (2): 133-151.

35. Степанова А.А., Абрукова А.В., Саваскина Е.Н., Поляков А.В. Мутация p.E92K – основная причина муковисцидоза у чувашей. Генетика. 2012; 48 (7): 863-871.

36. Bobadilla J.L., Macek М., Jr., Fine J.P., Farrell P.M. Cystic fibrosis: a worldwide analysis of CFTR mutations – correlation with incidence data and application to screening. Hum. Mutat. 2002. Jun; 19 (6): 575-606.

37. Петрова Н.В., Тимковская Е.Е., Васильева Т.А. и др. Особенности спектра мутаций в гене CFTR у больных муковисцидозом из Карачаево-Черкесии. Медицинская генетика. 2015; 14 (7): 32-36.

38. Иващенко Т.Э., Баранов В.С. Биохимические и молекулярно-генетические основы патогенеза муковисцидоза. СПб.: Интермедика, 2002. 256 с. ISBN 5-89720-043-2.

39. Одинокова О.Н. Расширенный поиск мутаций гена CFTR в выборке больных муковисцидозом из Сибирского региона. Сборник тезисов VII Ежегодной Северо-Западной с международным участием научно-практической конференции по муковисцидозу «Практика лечения муковисцидоза» (Санкт-Петербург, 27-28 мая 2016). 2016. С. 9-13.

40. Castellani C., Benetazzo M.G., Tamanini A. et al. Analysis of entire coding region of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene in neonatal hypertrypsigenaemia with normal sweat test. J. Med. Genet. 2001. Mar; 38 (3): 202-205.

41. Петрова Н.В., Васильева Т.А., Тимковская Е.Е. и др. Анализ редких мутантных аллелей гена CFTR у российских больных. Сборник тезисов XI Национального конгресса «Муковисцидоз у детей и взрослых. Взгляд в будущее» (Москва, 24-25 мая 2013 г.). 2013. С. 66, 67.

42. Корытина Г.Ф., Викторова Т.В., Байкова Г.В., Хуснутдинова Э.К. Анализ спектра мутаций и полиморфных локусов гена трансмембранного регуляторного белка муковисцидоза в Башкортостане. Генетика. 2002; 38 (9): 1270-1275.

43. Рукавичкин Д.В. Клинико-генотипический полиморфизм муковисцидоза среди населения Краснодарского края: Дис. … канд. мед. наук: 03.00.15. Краснодар, 2007. 27 с.

44. Verlingue, N.I. Kapranov, B. Mercier et al. Complete screening of the coding sequence of the CFTR gene in a sample of CF patients from Russia: Identification of three novel mutations. Hum. Mutat. 1995; 5 (3): 205-209.

45. Одинокова О.Н. Молекулярная диагностика муковисцидоза в Сибирском регионе: поиск мутаций гена CFTR: Сборник статей и тезисов X Юбилейного Национального конгресса «Муковисцидоз у детей и взрослых». Ярославль, 2011. С. 60.

46. Степанова А.А., Красовский С.А., Поляков А.В. Информативность поиска 19 частых мутаций в гене CFTR у российских больных муковисцидозом и расчетная частота заболевания в Российской популяции. Генетика. 2015; 52 (2): 231-241.

47. Simakova T., Bragin A., Zaytseva M., et al. NGS-based assay for frequent newborn inherited diseases: from development to implementation. Doi: http://dx.doi.org/10.1101/050419

48. Павлов А.Е., Апалько С.В., Воробьев Е.В. Молекулярно-генетическая диагностика муковисцидоза в формате микрочипа. Лаборатория. 2012; (4):16-19.

49. Пренатальная диагностика наследственных и врожденных болезней. Под ред. акад. РАМН, проф. Э.К. Айламазяна, чл.-корр. РАМН, проф. ВС Баранова. 2-е изд. М.: МЕДпресс-информ, 2007. 416 С. ISBN 5-98322-345.

50. http://meduniver.com

51. Girardet A., Viart V., Plaza S., et al. The improvement of the best practice guidelines for preim plantation genetic diagnosis of cystic fibrosis: toward an international consensus. Eur. J. Hum. Genet. 2016. Apr. 24 (4): 469-478.

52. Harton G.L., De Rycke M., Fiorentino F. et al. ESHRE PGD consortium best practice guidelines for amplification-based PGD. Hum. Reprod. 2011. Jan; 26 (1): 33-40.

53. Claustres M., Kožich V., Dequeker E., et al. ESHG Quality committee. Recommendations for reporting results of diagnostic genetic testing (biochemical, cytogenetic and molecular genetic). Eur. J. Hum. Genet. 2014; Feb 22 (2): 160-170.