Шуйские предприняли атаку на царицу, подав Федору челобитье о разводе с бездетной Ириной, причем под петицией подписались многие бояре и москвичи, а митрополит ходатайство поддержал. И тут кроткий самодержец, к всеобщему изумлению, разъярился. Податели челобитной попали в немилость.
У Годунова уже были наготове показания свидетелей о якобы готовившемся заговоре Шуйских. Царь не стал возражать, чтобы строптивцев (а может быть, и изменников) арестовали. Не теряя времени, Борис взял под стражу всех видных деятелей враждебной группировки. Двое самых опасных – Иван Петрович и Андрей Иванович Шуйские – скоро умерли в заточении, причем, как говорили, не своей смертью.