Годунов отказался и теперь, но это была уже скорее дань русским традициям, согласно которым перед согласием полагалось долго смущаться и отнекиваться.
В городе три дня шли молебны о том, чтоб Господь смягчил упорство Бориса. Пошли крестным ходом к монастырю, но Годунов не согласился и на второй раз. Просить полагалось троекратно.
Наконец, 21 февраля перед Новодевичьим собрали (а может быть, согнали) огромную толпу, Иов торжественно принес чудотворную икону и стал грозить Борису, если тот не прекратит упрямиться, отлучением от церкви. За стенами громко стенал и рыдал народ – злые языки рассказывали, что за должным изъявлением всеобщей скорби следили специальные приставы, по чьему приказу все повалились на колени и завопили еще громче, когда царица подошла к окну кельи. Тут, согласно официальной версии, сердце Ирины-Александры дрогнуло, и она присоединилась к просящим. Годунов, тоже разрыдавшись, покорился Божьей и народной воле.
После нескольких дней, которые полагалось провести в благочестивых молитвах, 25 февраля 1598 года Годунов торжественно вернулся в Москву.