До канцелярії Виговського надходила військово-політична інформація з усіх кінців України, а також повідомлення від послів іноземних держав. У ній приймалися та з неї відправлялися численні посольства, ухвалювалися важливі рішення, що, разом із численними військовими перемогами, визначали долю становлення української козацької Гетьманщини. Не буде перебільшенням сказати, що створення такої потужної державної машини й координація її роботи потребували неабиякого таланту адміністратора та політика, – і саме тому Богдан Хмельницький високо цінував працю Івана Виговського, нагадуючи старшині, невдоволеній піднесенням «купленого за рябу кобилу» генерального писаря, його таланти. Не боячись виступів полковників і генеральної старшини, Хмельницький чітко давав зрозуміти: Виговський – друга після гетьмана людина в Запорозькому Війську й державі.

Іван Виговський, який високо цінував повагу гетьмана, продовжував роботу зі створення органів державної влади та організації їхньої роботи на благо України, – недарма деякі західні історичні джерела називають генерального писаря «канцлером» української Гетьманщини. І хоча будова та порядок функціонування генеральної канцелярії Івана Виговського й до нашого часу лишаються недостатньо вивченими, історична наука донесла імена найближчих соратників майбутнього гетьмана. Це такі відомі особистості, як, приміром, автор «Львівського літопису» М. Гунашевський, знаменитий полковник і дипломат Силуян Мужиловський, шляхтичі Соболь, Ярмолович і П'ясецький, молодший писар Федір Погорецький та Захар Шуйкевич – майбутній генеральний писар при гетьмані Лівобережної України. Без перебільшення можна сказати, що кожен із цих людей залишив слід в історії нашої батьківщини. Крім того, історичні дослідження вказують на те, що до генеральної канцелярії Івана Виговського входило понад десять представників вищих кіл польської шляхти, котрі, беручи приклад з Виговського, перейшли на бік козацького гетьмана й служили Україні ще під час війни з Польщею.

До виконання дипломатичних місій у генеральній канцелярії Запорозького Війська залучали також іноземців, прихильних до ідей Богдана Хмельницького. Відомо, наприклад, що на службі у військовій канцелярії Хмельницького виконували дипломатичну роботу грек Іван Мануйлов та серб Василь Данилов. Прилучав Виговський до таких місій і своїх родичів – батька, а також братів.

Незважаючи на велику довіру славетного гетьмана й власні здобутки, після смерті Хмельницького Іван Виговський не одразу дістав булаву гетьмана. Як уже говорилося, бувши при смерті, Хмельницький волів зробити своїм спадкоємцем молодшого сина Юрія, котрий, на відміну від загиблого за кілька років до того Тимофія, зовсім не мав жорсткої батькової вдачі й, отже, не був спроможним утримувати булаву міцною рукою. Але, з огляду на авторитет Хмельницького серед генеральної та полкової старшини, його волю слід було виконати у будь якому випадку. Чому ж Хмельницький не розглядав Івана Виговського як свого спадкоємця? Найбільш імовірно, що з двох причин. З одного боку, як уже було сказано, гетьман вирішив дати гетьманство власному синові – відповідно до династичних уявлень про владу, а з другого, харизматична, але суперечлива постать І. Виговського могла зачепити амбіції деяких представників старшини і призвести до можливих міжусобиць у козацькому війську, зруйнувавши здобутки української нації за останні кілька років.

Складалась така ситуація, за якої, виконавши заповіт Хмельницького, українці втрачали сильну руку, ту саму руку, котра була так потрібна їм у боротьбі з численними ворогами, а не виконавши його, йшли проти волі людини, котра уособлювала тодішню Україну Але тут виявився непересічний талант Виговського – і вихід було знайдено досить швидко. Формально волю гетьмана Хмельницького було виконано на Чигиринській раді козацької старшини в 1657 році. Під час Ради генеральна старшина поклала гетьманські обов'язки на генерального писаря Івана Виговського, але тільки до досягнення Юрасем Хмельницьким повноліття – так було вирішено виконати заповіт гетьмана Хмельницького. Виговський узяв у свої руки всю владу, яку до нього мав Богдан.

Майже від початку гетьманування Іван Виговський дав зрозуміти своєму оточенню, що бути тимчасовим виконувачем обов'язків гетьмана він не збирається, й запровадив власну зовнішню й внутрішню політику. Одночасно він показав себе як охоронець здобутків і традицій Богдана Хмельницького. Після цього Рада козацької старшини, яка відбулась у Корсуні 21 жовтня 1657 року, вже остаточно віддала гетьманську булаву в його руки.

Зазначмо, що Виговський насамперед намагався послабити зв'язки з Московським царством та укласти союз із західними державами, зокрема із Швецією, а також замінити московський протекторат якимось іншим, як того бажав перед самою смертю його видатний попередник. Одночасно новий гетьман намагався покласти край безладу, що запанував повсюди в Україні по смерті Хмельницького. Крім того, одним із головних пріоритетів діяльності Виговського було намагання залучити до державної влади в Україні освічених і достатньо заможних людей, які би, маючи національну свідомість, дбали про державні інтереси. Саме на цій хвилі Іван Виговський хотів посилити владу представниками польської шляхти, які разом із заможними козаками повинні були утворити нову національну еліту, майбутню опору Гетьманщини.

Не дивно, що такі заходи гетьмана Виговського викликали активну протидію козацької черні. Низи, що їх спонукали в потрібному напрямку зацікавлені сторони, вбачали у цих діях спроби повернутися до польського панування. Насамперед, невдоволення демосу використали в боротьбі за владу політичні супротивники гетьмана. Першим із них, безумовно, був полтавський полковник Мартин Пушкар, до якого приєднався тодішній запорозький кошовий Яків Барабаш, спровокувавши повстання проти Виговського у Запорожжі й на Лівобережжі. Зайве нагадувати, що повстання Пушкаря й Барабаша одразу ж використали в своїх цілях московські агенти, намагаючись послабити гетьманську владу та схилити й до ще більших поступок Москві, зокрема – обмежити автономію української Гетьманщини. У Кремлі, який, безумовно, був тією самою зацікавленою стороною, добре розуміли, чим загрожував курс, обраний гетьманом Виговським, тож діяли досить активно, аж до надання безпосередньої військової допомоги бунтівникам.

Повстання Пушкаря було негайно придушене силами прибічників гетьмана Виговського, однак перші паростки майбутнього розколу України з'явилися разом із саме цим бунтом – козацька старшина, яка у часи Хмельницького видавалася монолітним середовищем, підґрунтям гетьманської влади, зазнала поглиблення внутрішніх суперечностей, що врешті спричинилося до скликання Чорної ради та розколу України.

Реакція Москви на придушення гетьманом Виговським повстання Мартина Пушкаря і Якова Барабаша була передбачуваною. Там украй негативно поставились до дій Виговського, що його вже вважали своїм васалом, і почали все частіше втручатись у внутрішні справи Гетьманщини. Без згоди гетьманської канцелярії у Москві було підготовано царські укази про призначення московських воєвод у Білу Церкву, Корсунь, Ніжин, Полтаву, Чернігів та Миргород, а одразу після цих указів вийшла постанова про призначення боярина Василя Шереметева керівником нової московської адміністрації в Гетьманщині. У настанові, врученій йому в Москві, йшлося про забезпечення передачі управлінського апарату в містах України до рук прихильного до самодержавної царської влади міщанства. У Москві, звичайно, спланували, щоби підтримка цивільної влади українських міст на противагу козацькій адміністрації стала ще одним із засобів послаблення суспільно-політичної та культурно-національної єдності в створеній Хмельницьким козацькій державі.

Активні спроби позбавити Гетьманщину суверенітету здійснювано й надалі. У серпні 1658 року, знову-таки ігноруючи статті «Переяславського договору», за сприяння московського війська князь Григорій Ромодановський проголосив наказним гетьманом України уманського старшину Івана Безпалого, відомого своїми виразними промосковськими настроями. З цього фактично й почалося відкрите протистояння між українським козацтвом, яке підтримало гетьмана Виговського, та Москвою.

Зауважмо, що московські війська та їхні союзники поводилися на Лівобережжі як в окупованій країні, а населення надзвичайно сильно потерпало від їхньої присутності. Відомо, що в стані князя Ромодановського перебував прибічник загиблого в Полтаві Мартина Пушкаря Яків Барабаш зі своїми людьми. За активного сприяння московських воєвод Барабашеві підлеглі грабували лівобережні міста, спустошували господарства і вбивали людей. Разом із козаками Я. Барабаша по містах Лівобережжя без узгодження з українським урядом осіли російські залоги. Урешті-решт це протистояння закінчилось відомою Конотопською битвою, яка відбулася влітку 1659 року. Під час цього протистояння українці на чолі з гетьманом Іваном Виговським і ніжинським полковником Григорієм Гуляницьким завдали ніщивної поразки війську московських воєвод. Про наслідки бою під Конотопом для Московського царства неможливо висловитись більш яскраво, аніж зробив це російський історик Сергій Соловйов, відомий своєю великодержавницькою позицією: «Цвіт московської кінноти, що відбув щасливі походи 1654 і 1655 років, загинув за один день, і вже ніколи після того цар московський не був у змозі вивести в поле такого блискучого війська. У жалобній одежі вийшов цар Олексій Михайлович до народу, й жах охопив Москву. Удар був тим важчий, що був несподіваним; та ще після таких блискучих успіхів! Лише нещодавно Долгорукий привів до Москви полоненого гетьмана литовського, нещодавно чути було радісні розмови про торжество Хованського, а тепер Трубецькой, на якого було найбільше надій, «чоловік благоговійний і витончений, у воїнстві щасливий і недругам страшний», погубив таке величезне військо! Після взяття стількох міст, після взяття столиці литовської царське місто затремтіло за власну безпеку: у серпні за государевого наказу люди всіх чинів поспішали на земляні роботи для зміцнення Москви. Сам цар із боярами часто був присутній при роботах; жителі навколишніх земель з родинами, пожитками наповнювали Москву, і ходила чутка, що государ від'їжджає за Волгу, за Ярославль».

Як бачимо, в Москві якнайсерйозніше поставилися до поразки під Конотопом і навіть не відкидали можливості нападу гетьманського війська на саму столицю. Очевидно, події сорокарічної давнини, коли гетьман Петро Сагайдачний уразив вогнем і мечем московські землі, закарбувались у пам'яті підлеглих московського царя.

Але всі ці приготування виявились марними. Виговський так і не вирушив походом на Москву, і то з об'єктивних причин. Головною з них був «Гадяцький трактат» за рік перед тим, а також той факт, що викладені в ньому положення викликали гостре неприйняття в козацькому середовищі як самого трактату, так і гетьмана, за сприянням якого було укладено цю угоду.

Слід зауважити, що трактат укладений у Гадячі 6 (16) серпня 1658 року генеральним писарем Запорозького Війська Юрієм Немиричем і майбутнім гетьманом України Павлом Тетерею, з одного боку, й урядовцями Речі Посполитої К. Беньовським та К. Євлашевським – з другого, можна вважати справжнім проривом української дипломатії, який так і не був оцінений сучасниками. Прикро, але гетьман Виговський саме через «Гадяцький трактат» мусив закінчити політичну кар'єру. Як і сотні інших надважливих справ – як тоді, так і тепер в Україні, – цей договір, укладений задля розвитку й добробуту держави, став суспільним подразником, що в результаті й призвело до знищення його творців і зникнення гетьманської України в Російській імперії. Що ж являв собою підписаний у Гадячі документ?