Поток сообщений японского МИД, перехватываемые «SIS» и «Op-20-G», был достаточно большим. Осенью 1941 года количество перехватов составляли от 50 до 75 радиограмм в сутки, при этом объём отдельных сообщений достигал 15 страниц печатного текста. Криптослужбы были вынуждены постоянно ускорять скорость своей работы. Так, в 1939 году им было нужно три недели для того, чтобы все перехваты прошли весь путь до Госдепартамента. А в конце 1941 года этот процесс занимал уже не более четырёх часов.

Служба радиоперехвата работала чётко. Из 227 сообщений, которые относились к японско-американским переговорам и пересылались между Вашингтоном и Токио с марта по декабрь 1941 года, не было перехвачено только четыре. Вашингтон был просто завален перехватами, которые накапливались в секретной папке под названием «Magic». Крошечный аппарат криптологов физически не мог справиться с таким потоком.

Проблема была решена двумя способами. Во-первых, было сокращено дублирование в работе. Сначала обе службы «SIS» и «Op-20-G» самостоятельно расшифровывали все японские перехваты. Однако в 1940 году между ними была достигнута договорённость о распределении обязанностей: сообщениями из Токио по непарным дням занималась «Op-20-G», а по парным дням – «SIS». Тем самым экономилось время для раскрытия нерасшифрованных систем и ликвидации завалов. Другим способом стало раскрытие, в первую очередь, наиболее важных сообщений; другие сообщения приходилось откладывать, по крайней мере, до окончания работы над более важным материалом. Считалось, что более важные сообщения «закрывались» более сложной системой кодирования.

6 декабря 1941 года криптослужбы США получили перехваченную зашифрованную японскую телеграмму в Вашингтонское посольство и в тот же день её расшифровали. Она состояла из 14 частей, но важнейшая последняя часть, где говорилось о разрыве переговоров Японии и США, была передана из Токио лишь ночью с 6 на 7 декабря. Благодаря напряжённой работе криптоаналитиков 14-я часть была расшифрована уже в восемь часов утра 7 декабря и отправлена Президенту США. Интересно, что в японском посольстве последняя часть была расшифрована лишь в тринадцать часов, то есть американское правительство прочитало японскую ноту в полном объёме на несколько часов раньше японского посольства в Вашингтоне.

К сожалению, огромный и кропотливый труд американских криптослужб не смог предупредить нападение Японии на военно-морскую базу в Пёрл-Харборе, который произошло в тринадцать часов (по Вашингтонскому времени) 7 декабря 1941 года. Во-первых, несмотря на большой объём дешифрованной японской переписки, ни в одной телеграмме не шла речь о нападении на Пёрл-Харбор. Во-вторых, американская военно-морская разведка не имела никакой информации о местонахождении и движении японского флота из-за его радиомолчания и других мер по безопасности связи.

Кстати, на территории базы работало подразделение радиоразведки, которое обслуживало Тихоокеанский флот США и состояло из 30 офицеров и рядовых. Его начальником был Джозеф Рошфор, перед которым стояла задача перехвата и прочтения японских радиограмм, зашифрованных военно-морским кодом «JN-25» (англ. Japanese Navy code №25).

После нападения японцев на Филиппинские острова генералу Дугласу Маккартуру было приказано покинуть Филиппины и создать базу для Армии США в Австралии. Он, понимая необходимость службы радиоразведки, своим приказом 15 апреля 1942 года создал Центральное бюро радиоразведки в Мельбурне (впоследствии оно было перебазировано в Брисбен).

В июле 1942 года капитан «SIS» Абрахам Синков прибыл в Мельбурн как руководитель американского подразделения Центрального бюро. Его формально возглавлял генерал С. Эйкин, но в действительности он редко появлялся в этой организации, поэтому фактически руководство бюро осуществлял Синков.

Он проявил хорошие организаторские способности и сумел в короткий срок сформировать единую профессиональную команду из американцев и австралийцев. Деятельность бюро радиоразведки способствовала успеху действий американской армии в воздушной войне против японцев и позволила одержать ряд побед в операциях на Новой Гвинее и Филиппинах.

После начала войны объём работы «SIS» стремительно возрос. Численность службы за предыдущие 2 года увеличилась в 9 раз и продолжала расти, в связи с чем в августе 1942 года личный состав службы перебрался из Вашингтона в Арлингтон-Холл – просторное здание прежней частной школы, расположенной в одном из предместьев штата Вирджиния на побережье реки Потомак. Практически одновременно с переездом состоялись организационные изменения в Управлении начальника войск связи Армии США.

«SIS» была реорганизована в Направление безопасности связи «SSB» (англ. Signal Security Branch). В её состав вошли батальон радиоразведки, школа радиоразведки и криптологии и 4 секции, имевшие литерные обозначения: «А» – административная, «В» – радиоразведки и криптоанализа, «С» – безопасности связи и криптографии, «D» – тайнописи. С целью координации деятельности полевых постов радиоперехвата в составе «SSB» была сформирована секция «Е», а в декабре 1942 году – секция «F», основным назначением которой стала организация работ по созданию новой шифровальной аппаратуры для Армии США.

Основными «поставщиками» материалов радиоперехвата для криптоаналитиков Арлингтон-Холла были подразделения Второго батальона радиоразведки, созданного 2 апреля 1942 года в результате увеличения численности и изменения структуры Второй роты. При участии личного состава батальона в сентябре того же года был создан новый стационарный пост радиоперехвата в Винт Хилл Фармс (штат Вирджиния), а немного позже – еще 2 поста, в штате Калифорния и на Аляске. В период Второй Мировой войны численность батальона существенно возросла и одно время достигала около 5 тысяч человек.

В 1942 году военно-морская радиоразведка «Op-20-G» была реорганизована, на базе которой была создана Организация разведки коммуникаций ВМФ «CIO» (англ. Communications Intelligence Organization) под руководством капитана 3-го ранга Саффорда, ставшая центром спецслужб ВМФ.

Она должна была разрабатывать военно-морские шифры, перехватывать проводные и радиосообщения, пеленговать радиостанции и осуществлять криптоанализ шифров противника. Часть отмеченных функций предусматривалось выполнять только в случае ведения армией боевых действий.

Деятельность «CIO» распределялась между подразделениями в Вашингтоне, на Гавайях и Филиппинах. Филиппинское подразделение размещалось в тоннеле крепости Корехидор и было оснащено 26 радиоприёмниками, аппаратурой для перехвата передачи данных и автоматического производства схем и таблиц. Из 700 офицеров и рядовых военно-морских учреждений радиоразведки 2 трети были заняты перехватом сообщений и только одна треть – криптоанализом и переводами.

Саффорд распределил свой персонал таким образом: в Пёрл-Харборе служили наилучшие офицеры, большинство из которых имели по четыре-пять лет опыта радиоразведки; команда в Корехидоре имела всего 3 или 4 года опыта; в Вашингтоне отвечали за общее наблюдение и учёбу – здесь служили самые опытные со стажем более 10 лет. Но до 90% сотрудников не имели и годового опыта.

Саффорд разделил «CIO» на 3 секции. Руководитель 1-й, капитан второго ранга Джордж Уэлкер занимался радиоперехватом и пеленгацией, 2-й – Ли Парк – криптоанализом, 3-й – Крамер – переводом и рассылкой материалов. Самой первой задачей подразделений было добывание материалов для обработки его криптоаналитиками.

К середине Второй Мировой войны подразделения батальона находились на территории США, Аляски, Алеутских и Гавайских островов, а также в Австралии, Индии и Африке. Посты радиоразведки, находившиеся за рубежом, входили в состав войск связи соответствующих армейских командований. Отдельные подразделения батальона, например посты, расположенные в Беллмори (остров Лонг-Айленд) и Тарзани (штат Калифорния), использовались только для радиоконтроля за работой армейских радиостанций на территории США и в ведение радиоразведки не входили.

В марте 1943 года «SSB» стала называться Службой безопасности связи «SSS» (англ. Signal Security Service). В июле того же года после соответствующего увеличения численности личного состава все секции были переименованы в отделы, а Служба преобразована в Агентство безопасности связи «SSA» (англ. Signal Security Agency) Армии США.

В течение всей войны наиболее численным среди подразделений Агентства был отдел «В» (радиоразведки и криптоанализа). Разведданные, подготовленные специалистами отдела на основании анализа перехваченных открытых и зашифрованных радиосообщений противника, направлялись в Управление военной разведки для их последующей оценки и использования. Высокая ценность докладываемых данных была обусловлена тем, что за годы войны американским криптоаналитикам удалось раскрыть много кодов и шифров противника: в 1942 году ими был разгадан шифр ВМФ Японии, а в 1943 – армейские японские шифры.

Завершающий этап войны ознаменовался для «SSA» новыми организационными изменениями. В начале 1944 года в результате проведённой реорганизации в нём были созданы четыре отдела: разведывательный, безопасности связи, вспомогательный, комплектования и подготовки личного состава. В декабре того же года Агентство было передано в оперативное подчинение Управлению военной разведки, при этом административное руководство Агентством осталось за Начальником войск связи Армии США.

6 сентября 1945 года, через 4 дня после окончания Второй Мировой войны, военным руководством было принято новое решение, в соответствии с которым «SSА» была полностью выведена из подчинения Начальника войск связи и с 15 сентября вместе со всеми своими подразделениями и военными учреждениями связи была реорганизована в Агентство безопасности Армии «АSА» в составе Генерального штаба МО США. Возглавил её коллега Фридмана – криптолог Фрэнк Роулет.

10 июля 1946 года все подразделения радиоразведки и связи ВМФ были объединены во 2-ю секцию 20-го отдела Управления связи ВМФ «Op-20-2», которая была названа «Коммуникационной вспомогательной деятельностью» (англ. Communications Supplementary Activities of the 20th Division of the Office of Naval Communications, Section 2).

23 июня 1948 года ВВС США также создали собственную радиоразведку – группу безопасности «AFSG» (англ. Air Force Security Group). 20 октября она была переименована в службу безопасности «AFSS» (англ. Air Force Security Service), которая должна была заниматься радиоперехватом и дешифровкой.

20 мая 1949 года военным руководством США было принято решение об объединении усилий всех военных радиоразведок и криптослужб: «АSА», «Op-20-2» и «AFSS». В результате было образовано объединённое Агентство безопасности Вооруженных Сил «AFSА» в составе Министерства обороны США, которую в 1951 году возглавил генерал Ральф Джулиан Канин. Через год, в 1952 году, когда «AFSА» была реорганизована в Агентство национальной безопасности США, он стал его первым директором и находился на этом посту до 1956 года.