Чтобы эффективно провести дезинфекцию, необходимо овчарню очистить от навоза, остатков корма и других загрязнений. Во избежание рассеивания инфекции с пылью внутренние поверхности помещения предварительно орошают водой, и после этого осторожно удаляют все загрязнения на специально для этого отведенный участок. Затем стены, полы, перегородки и инвентарь (поилки и др.) обмывают горячей водой и дезинфицируют. Вилы, лопаты, грабли и другие предметы, которыми пользовались при очистке помещения, кладут на 3–5 часов в дезинфицирующий раствор для обеззараживания.
Все растворы, применяемые для дезинфекции помещений, расходуют из расчета 1л на 1 м2 площади. Вначале орошают пол, затем стены, а после этого опять пол. Продезинфицированное помещение закрывают на 2–3 часа, затем проветривают, обмывают водой стены, кормушки. Одновременно необходимо дезинфицировать и территорию вокруг овчарни и все предметы, с которыми соприкасались больные животные или которые были загрязнены их калом. Затем сжигают или обеззараживают навоз.