Права инквизиции, ограниченные Арандой, были восстановлены, а в 1798 году возвращены иезуиты. В истории страны произошел новый поворот, открылась одна из самых темных ее страниц.
Впервые инквизиция была упразднена указом Жозефа Бонапарта 4 декабря 1808 года во время французской оккупации