Внутренний (внутрисистемный) финансовый контроль осуществляется так же в министерствах, федеральных службах, федеральных агентствах, в других органах исполнительной власти, общественных и религиозных организациях руководителями соответствующих образований и специально созданными в данных системах контрольно-ревизионными подразделениями, которые подчиняются, как правило, непосредственно руководителю министерства, службы, агентства, или иного органа исполнительной власти или соответствующему органу общественной или религиозной организации.