Внутри первым делом правительства было построение городов или крепостей; опасные нападения с трех сторон делали это необходимым. Уже упомянуто было о построении городов на литовских границах, даже на Литовской земле, о возобновлении старых, пострадавших во время войны. В 1535 году построен был город в Перми, на месте сгоревшего старого; в том же году поставлен деревянный город в Мещере, на реке Мокше, на месте, называемом Мурунза; в 1536 году били челом великому князю и его матери Костромского уезда волости: Корега, Ликурги, Залесье, Борок Железный, чтоб государь велел поставить город для того, что там волостей много, а от городов далеко; вследствие этой челобитной поставлен был Буйгород; на Балахне, у Соли, сделан город земляной для того, что посад велик, а людей много; поставлен город на Проне; сделан город Устюг, деревянный весь, новый; город Ярославль сгорел весь: в том месяце велено на старом месте ставить новый город; во Владимире большой пожар также повредил городскую стену; ее немедленно починили; так же поступлено и в Твери после больших пожаров; сделаны новые укрепления в Новгороде Великом и Вологде; в Москве, по мысли великого князя Василия, обведено каменными стенами место, получившее название Китая или Среднего города. По-прежнему заботились об умножении народонаселения выходцами из чужих стран: в 1535 году выехали из Литвы на государево слово триста семей.

Уже в последнее время княжения Василиева обнаружилось важное зло – обрез и подмесь в деньгах: искажение дошло до того, что у каждой деньги отрезывали по половине и в гривенку шло таких искаженных денег по 500 и больше, отсюда при каждой торговой сделке крики, брань, клятвы. В сентябре 1533 года, незадолго до смерти великого князя Василия, казнили в Москве за порчу денег многих людей: москвичей, смольнян, костромичей, вологжан, ярославцев и из других городов, лили олово в рот, руки секли. В марте 1535 года Елена запретила обращение поддельных и резаных денег и приказала их переделывать. При великом князе Василии изображался на деньгах великий князь на коне с мечом в руке, а теперь стал изображаться с копьем в руке, и деньги оттого стали называться копейными.

Кроме этих распоряжений, выставляемых летописями, мы должны остановиться еще на некоторых явлениях, о которых впервые встречаем известие в правление Елены. Так, например, у нас утвердилось мнение, что до Иоанна IV присутствовали в Думе только бояре и окольничие и что только этот государь из противоборства влиянию знатных людей ввел в Думу третий, низший разряд членов, так называемых думных дворян; но при описании приема польского посла Никодима Техановского в правление Елены читаем: «Князь великий сидел в брусяной избе, а у него бояре, и окольничие, и дворецкие, и дети боярские, которые живут в Думе, и дети боярские прибыльные, которые не живут в Думе». Если под именем Думы мы будем здесь разуметь совет великокняжеский и слову жить придадим обыкновенное значение существования или присутствия, то должны будем признать, что еще прежде самостоятельного правления Иоанна IV были введены в Думу дети боярские. Конечно, мы никак не решимся утверждать, что это введение последовало именно в правление Елены, а не ранее.

В 1536 году дана была уставная грамота старостам и всем людям Онежской земли, сходная с уставною грамотою Белозерскою Иоанна III и уставною артемоновским крестьянам Василия Иоанновича. В Белозерской говорится: наместнику, тиунам и доводчикам побора в стану не брать, брать им свой побор у соцкого в городе; кормы наместничьи и тиунские и доводчиковы поборы старосты берут по деревням да платят наместнику, его тиуну и доводчику на стану. Как в Белозерской, так и в Онежской грамоте говорится: «Если будет волостным людям и становым от наместника, тиуна, доводчика, от других наместничьих людей или посторонних какая обида, то они на обидчиков сами срок наметывают, когда им стать перед великим князем»; этого нет в Артемоновской грамоте. Согласно с Белозерскою, в Онежской грамоте говорится: ездить доводчику в волости без паробка и без простой лошади. В Белозерской говорится: тиунам и наместничьим людям на пир и на братчину незваным не ходить; в Онежской – тиуну и другим наместничьим людям на пир и на братчины незваным не ездить, кроме доводчика. Онежанам дано право не пропускать к морю за солью белозерцев и вологжан, отнимающих у них промысел, пусть белозерцы и вологжане торгуют с ними в Каргополе. В 1537 году дана была уставная грамота владимирским бобровникам, в существенных частях сходная с известною нам грамотою удельного князя дмитровского Юрия; но есть и различия, например в Юриевой грамоте: доводчику у них проехать по деревням на весь год дважды, сам-друг с паробком, а лошадей с ним три; в Иоанновой – доводчику ездить по бобровным деревням одному, на одной лошади, без паробка и без простых лошадей.

Грамоты давались от имени великого князя Иоанна; при описании посольских сношений говорится, что великий князь рассуждал с боярами и решал дела; но это все выражения форменные. После этих выражений встречаем известия, что все правление было положено на великой княгине Елене; видим также, кто был главным ее советником: желая мира, литовский гетман Радзивилл отправлял послов к боярину конюшему, князю Овчине-Телепневу-Оболенскому; гонец казанский, желая отправить татарина домой, бил челом тому же боярину конюшему. После опалы Глинского, Бельского и Воронцова у Оболенского не было явных врагов и соперников; но могли ли равнодушно сносить первенствующее положение Оболенского люди, считавшие за собой более прав на такое положение? Пока жива была Елена, перемены нельзя было ожидать. 3 апреля 1538 года Елена умерла. Герберштейн говорит утвердительно, что ее отравили.