Прохор любил уединяться в своей келье, где у него, кроме молитвы, были занятия двух родов: чтение и телесный труд. Псалмы он читал и сидя, говоря, что утружденному это позволительно, а Св. Евангелие и Послания Апостолов – всегда стоя пред св. иконами, в молитвенном положении, и это называл бдением (бодрствованием). Постоянно он читал творения св. отцов, например, Шестоднев св. Василия Великого, беседы св. Макария Великого, Лествицу прп. Иоанна, Добротолюбие и проч. В часы отдохновения он предавался телесному труду, вырезал кресты из кипарисного дерева для благословения богомольцам. Когда Прохор проходил столярное послушание, то отличался большим усердием, искусством и успехами, так что в расписании он один из всех назван Прохором-столяром. Он также ходил на общие для всей братии труды: сплавлять лес, приготовлять дрова и т. п. Как он проводил ночи, а также принимал пищу, известно из его личного свидетельства. Он говорил, наставляя других: «Сидя за трапезой, не смотри и не осуждай, кто сколько ест, но внимай себе, питая душу молитвой. За обедом ешь довольно, за ужином повоздержись. В среду и пяток, аще можешь, вкушай по однажды. Каждый день непременно в нощи спи три часа: десятый, одиннадцатый и двенадцатый час до полуночи. Аще изнеможешь, можно вдобавок днем спать. Сие держи несумненно до кончины жизни: ибо оно нужно для успокоения головы твоей. И я с молодых лет держал таковый путь. Мы и Господа Бога всегда просим об упокоении себя в ночное время. Аще тако будешь хранить себя, то не будешь уныл, но здрав и весел». С течением времени от слишком напряженного состояния, от недостатка в ночном отдыхе о. Серафим, как сам неоднократно сказывал, получил сильную головную боль. Болезнь эта разрешилась сама собой, когда он начал несколькими часами более давать себе отдых во время ночи. После этого о. Серафим, на основании собственного опыта, советовал немощным спать 6 часов в сутки, а более сильным телом и крепким душой – пять часов, повторяя при этом наставление отцов-пустынников, что мы не тело, а страсти умерщвлять научаемся.

Видя примеры пустынножительства о. игумена Назария, иеромонаха Дорофея, схимонаха Марка, юный Прохор стремился духом к большому уединению и подвижничеству, а потому испросил благословение своего старца о. Иосифа оставлять монастырь в свободные часы и уходить в лес. Там он нашел уединенное место, устроил сокровенную кущу и в ней совершенно один предавался богоразмышлению и молитве. Если, говорил о. Серафим, не всегда можно пребывать в уединении и молчании, живя в монастыре и занимаясь возложенными от настоятеля послушаниями, то хотя некоторое время, остающееся от послушания, должно посвящать на уединение и молчание; и за это малое Господь Бог не оставит ниспослать на тебя богатую Свою милость. Такое правило теперь исполнял сам Прохор, удаляясь в пустынную кущу. Созерцание дивной природы возвышало его к Богу, и, по словам человека, бывшего впоследствии близким к старцу Серафиму, он здесь совершал правило, еже даде Ангел Господень великому Пахомию, учредителю иноческого общежития. Это правило совершается в следующем порядке: Трисвятое и по Отче наш: Господи, помилуй, 12. Слава и ныне: Приидите поклонимся – трижды. Псалом 50: Помилуй мя, Боже. Верую во единого Бога… Сто молитв: Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешного и по сем: Достойно есть и отпуст. Это составляло одно моление, но таких молитв надлежало совершить по числу суточных часов, двенадцать днем и двенадцать ночью. Это правило, принятое в Саровской пустыни, Прохор исполнял по наставлению старца Иосифа с самого поступления в монастырь. Но в куще, среди природы, наедине с Богом, он сосредоточеннее и с большим умилением предавался молитвенному подвигу. С молитвой он соединял воздержание и пост: в среду и пятницу не вкушал никакой пищи, а в другие дни недели принимал ее только один раз. Всем видимо стало, что Прохор ставит себя твердо на пути иноческого жития, и поэтому его любили и уважали во времена игуменства Пахомия как необыкновенного подвижника. Подобный Прохору был в то время 25-летний послушник Василий, вступивший в пустынь в 1787 году из мещан г. Темникова и предназначенный Господом в будущем в строители Саровской пустыни под именем Нифонта.

В 1780 году Прохор тяжко заболел, и все тело его распухло. Ни один врач не мог определить вида его болезни, но предполагали, что это сделалась водяная болезнь. Недуг длился в продолжение трех лет, из которых не менее половины Прохор провел в постели. Строитель о. Пахомий и старец о. Исайя попеременно ходили за ним и почти неотлучно находились при нем. Тут-то и открылось, как все, и прежде других начальники, уважали, любили и жалели Прохора, бывшего тогда еще простым послушником. Наконец стали опасаться за жизнь больного, и о. Пахомий настоятельно предлагал пригласить врача или, по крайней мере, открыть кровь. Тогда смиренный Прохор позволил себе сказать игумену: «Я предал себя, отче святый, истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу, и Пречистой Его Матери, если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством – причастием Св. Тайн». Старец Иосиф по просьбе Прохора и собственному усердию особо отслужил о здравии больного всенощное бдение и литургию. Прохор был исповедан и причащен. В скором времени он выздоровел, что весьма удивило всех. Никто не понимал, как мог он столь скоро оправиться, и только впоследствии о. Серафим открыл тайну некоторым, и в том числе любимой сестре Дивеевской общины, церковнице Ксении Васильевне (монахине Капитолине). После причащения Св. Тайн ему явилась Пресвятая Дева Мария, в несказанном свете, с апостолами Иоанном Богословом и Петром, и, обратясь к Иоанну лицом и указывая перстом на Прохора, Владычица сказала: «Этот от нашего рода!» «Правую-то ручку, радость моя, – говорил о. Серафим церковнице Ксении, – положила мне на голову, а в левой-то ручке держала жезл, и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то, и сделалось углубление, матушка, вода-то вся в него и вытекла, и спасла Царица Небесная убогого Серафима; а рана пребольшая была, и до сих пор яма-то цела, матушка, погляди-ка, дай ручку!» «И батюшка сам, бывало, возьмет да и вложит мою руку в яму, – прибавляла матушка Ксения, ныне Капитолина, – и велика же она была у него, так вот весь кулак и взойдет!» Много душевной пользы принесла Прохору эта болезнь: Дух его окреп в вере, любви и надежде на Бога.

В период послушничества Прохора, при настоятеле о. Пахомии, предприняты были в Саровской пустыни многие нужные постройки. В числе их на месте кельи, в которой болел Прохор, строилась больница для лечения недужных и успокоения престарелых и при больнице церковь о двух этажах с престолами, в нижнем – во имя свв. Зосимы и Савватия, чудотворцев Соловецких, в верхнем – во славу Преображения Спасителя. Прохор, после болезни молодой еще послушник, был посылаем за сбором денег в разные места на сооружение церкви. Благодарный за свое исцеление и попечение начальства, он с охотой понес трудный подвиг сборщика. Странствуя по ближайшим к Сарову городам, Прохор был и в Курске, на месте своей родины, но не застал уже матери своей в живых. Брат Алексей, со своей стороны, оказал Прохору немалую помощь для построения церкви. Вернувшись домой, Прохор, как искусный столяр, построил собственными руками престол из кипарисного дерева для нижней больничной церкви, в честь преподобных Зосимы и Савватия.

В течение восьми лет юный Прохор был послушником. Наружный вид его к этому времени изменился; будучи высокого роста, около 2 аршин и 8 вершков, несмотря на строгое воздержание и подвиги, он имел полное, покрытое приятной белизной лицо, прямой и острый нос, светло-голубые глаза, весьма выразительные и проницательные, густые брови, светло-русые волосы на голове. Лицо его окаймлялось густой окладистой бородой, с которой на оконечностях рта соединялись длинные и густые усы. Он обладал большой физической силой, имел мужественное сложение, увлекательный дар слова и счастливую память. Теперь он прошел уже все степени монастырского искуса и был способен и готов принять монашеские обеты.

13 августа 1786 года с соизволения Св. Синода о. Пахомий постриг послушника Прохора в сан инока. Восприемными отцами его при пострижении были о. Иосиф и о. Исайя. При посвящении ему было дано имя Серафима (пламенный), и в братских ведомостях сказано, что он был пострижен в монахи на вакантное место в Гороховский Николаевский монастырь, в котором и числился значительное время, хотя никогда в нем не жил. В октябре 1786 года монах Серафим по ходатайству о. Пахомия был посвящен преосвященным Виктором, епископом Владимирским и Муромским, в сан иеродиакона. Он вполне предался новому своему, поистине уже ангельскому служению. Со дня возведения в сан иеродиакона он, храня чистоту души и тела, в течение пяти лет и девяти месяцев почти беспрерывно находился в служении. Все ночи на воскресные и праздничные дни проводил в бодрствовании и молитве, неподвижно стоя до самой литургии. По окончании же каждой Божественной службы, оставаясь еще надолго в храме, он по обязанности священнодиакона приводил в порядок утварь и заботился о чистоте алтаря Господня. Господь, видя ревность и усердие к подвигам, даровал о. Серафиму силу и крепость, так что он не чувствовал утомления, не нуждался в отдыхе, часто забывал о пище и питии и, ложась спать, жалел, что человек, подобно ангелам, не может беспрерывно служить Богу. Строитель о. Пахомий теперь еще более прежнего привязался сердцем к о. Серафиму и без него не совершал почти ни одной службы. Когда он выезжал по делам монастыря или для служения один или с другими старцами, то часто брал с собой о. Серафима. Так, в 1789 году в первой половине июня месяца о. Пахомий с казначеем о. Исайей и иеродиаконом о. Серафимом отправился по приглашению в село Леметь, находящееся в 6 верстах от нынешнего города Ардатова Нижегородской губернии, на похороны богатого благодетеля своего помещика Александра Соловцева и заехали по дороге в Дивеево навестить Агафью Семеновну Мельгунову, высокочтимую всеми старицу и также благодетельницу свою. Мать Александра была больна и, получив от Господа извещение о скорой кончине своей, просила отцов-подвижников, ради любви Христовой, особоровать ее. Отец Пахомий сперва предлагал отложить елеосвящение до возвращения их из Лемети, но святая старица повторила свою просьбу и сказала, что они ее не застанут уже в живых на обратном пути. Великие старцы с любовью совершили над ней таинство елеосвящения. Затем, прощаясь с ними, мать Александра отдала о. Пахомию последнее, что имела и накопила за годы подвижнической жизни в Дивееве. По свидетельству жившей с ней Девицы Евдокии Мартыновой своему духовнику протоиерею о. Василию Садовскому, матушка Агафья Семеновна передала строителю о. Пахомию мешочек золотом, мешочек серебром и два мешка меди, суммой в 40 тысяч, прося выдавать ее сестрам все потребное в жизни, так как они сами не сумеют распорядиться. Матушка Александра умоляла о. Пахомия поминать ее в Сарове за упокой, не оставлять и не покидать неопытных послушниц ее, а также попещись в свое время об обители, обетованной ей Царицей Небесной. На это старец о. Пахомий ответил: «Матушка! Послужить по силе моей и по твоему завещанию Царице Небесной и попечением о твоих послушницах не отрекаюсь, также и молиться за тебя не только я до смерти моей буду, но и обитель вся наша никогда благодеяний твоих не забудет, а в прочем не даю тебе слово, ибо я стар и слаб, но как же и браться за то, не зная, доживу ли до этого времени. А вот иеродиакон Серафим, духовность его тебе известна, и он молод, доживет до этого, ему и поручи это великое дело».

Матушка Агафья Семеновна начала просить о. Серафима не оставлять ее обители, как Царица Небесная Сама тогда наставить его на то изволит.

Старцы простились, уехали, а дивная старица Агафья Семеновна скончалась 13 июня, в день св. мученицы Акилины. Отец Пахомий с братией на обратном пути как раз поспели к погребению матушки Александры. Отслужив литургию и отпевание соборно, великие старцы похоронили первоначальницу Дивеевской общины против алтаря Казанской церкви. Весь день 13 июня шел такой проливной дождь, что ни на ком не осталось сухой нитки, но о. Серафим по своему целомудрию не остался даже обедать в женской обители и тотчас после погребения ушел пешком в Саров.

Н. А. Мотовилов пишет, что мать Александра перед смертью говорила послушнице Евдокии: «Молись Богу, Господь не оставит тебя, я уж скоро отойду от сего света, а ты еще долго проживешь, и то, что сбудутся слова мои, то есть что соберется на месте ее большая обитель, увидишь на деле, будет большое смятение; ты и до него доживешь». Предчувствуя приближение своей кончины, мать Александра пожелала восприять на себя ангельский образ, и посылала она Евдокию Мартынову с другой какой-то девушкой в Саров, и о. Исайя, бывший тогда казначеем сей обители, прибыв в Дивеево, постриг ее во время вечерни в великий ангельский образ и нарек ей имя Александры. Пострижение это было за неделю или за две до кончины, в Петровский пост.