Болезненным ударом по ДУМЕС стал и распад СССР, который сделал бессмысленным его официальное название и разделил мусульманские общины Российской Федерации, Украины, Белоруссии, Молдавии и Прибалтики государственными границами. Потеря контактов со среднеазиатскими единоверцами, обусловленная распадом САДУМ и политической нестабильностью, лишила российских мусульман доступа к наиболее авторитетным учебным центрам традиционного ислама – бухарскому медресе «Мир-Араб» и ташкентскому Исламскому институту.

Летом 1992 года все возможности сохранить стабильность в ДУМЕС оказались исчерпаны. Федеральная власть и спецслужбы сконцентрировались на более важным темах, нежели проблемы выживания лояльных им религиозных организаций, а местные власти активно интриговали в пользу создания собственных автономных мусульманских структур. Солидарно с ними действовали политические партии и эмиссары зарубежных экстремистских центров, которые оказались особенно заинтересованы в уничтожении главного оплота традиционного ислама. Последним сдерживающим фактором для центробежных тенденций оставался высокий авторитет председателя ДУМЕС верховного муфтия Талгата Таджуддина, однако вскоре и он был подорван.

16 июля 1992 года в Набережных Челнах прошли торжества в честь открытия мечети «Таубе» («Покаяние»), на котором присутствовало практически все высшее духовенство ДУМЕС. Красивейшая мечеть, заложенная во время юбилея 1989 года, была мечтой Талгата Таджуддина. Он принимал личное участие в проектировании ее внутреннего убранства, в котором важное место отводилось витражу в виде охватывавшего магендавид и четырехконечный крест полумесяца. Этот заимствованный из убранства Голубой мечети в Стамбуле сюжет был призван символизировать общность корней ислама, христианства и иудаизма, однако имам-хатыб мечети «Таубе» Идрис Галяутдинов счел витраж кощунственным экуменическим символом и самовольно приказал его демонтировать⁹⁷.

Такое демонстративное непослушание неприятно удивило Талгата Таджуддина, намеревавшегося продемонстрировать приглашенным на церемонию православным священникам свое уважение к их вере, и после неубедительных оправданий Галяутдинова он прилюдно поколотил имам-хатыба посохом. Подобные вещи случались в ДУМЕС и раньше – обладавший непростым характером муфтий нередко вразумлял своих учеников физически, однако быстро остывал и извинялся. Но на этот раз заснятое на пленку «вразумление» Галяутдинова стало мощным аргументом в руках его противников, поспешивших представить случившиеся как демонстративную расправу еретика-экумениста над истинным мусульманином, защищавшим свою веру. Они обвинили Таджуддина в излишней любви к христианству и иудаизму («ставит кресты на мечетях»), авторитарных методах руководства («прилюдно избил человека») и самодурстве, граничащем с психическим заболеванием⁹⁸.

«Витражный скандал» решительно подорвал позиции председателя ДУМЕС. Лагерь его противников пополнился десятками имамов, вспомнивших свои старые обиды и решивших, что пришло время за них рассчитаться. Одновременно националистические организации Татарстана и Башкортостана начали в своих СМИ кампанию по дискредитации Талгата Таджуддина. Своего пика эта кампания достигла в середине августа 1992 года, когда в газетах начали публиковаться открытые призывы к смещению Таджуддина и расформированию ДУМЕС. Масла в огонь подлила и публичная ссора Таджуддина с уфимским мухтасибом и казыем Нурмухаммедом Нигматуллиным, в ходе которой муфтий пренебрежительно отозвался о башкирах, чем окончательно настроил против себя башкирских националистов".

С начала августа в мечетях стала распространяться анонимная листовка некой «инициативной группы», содержавшая откровенно оскорбительные выпады в адрес главы ДУМЕС. Ситуация явно развивалась по сценарию, опробованному три года назад в Дагестане, и угроза переворота в ДУМЕС стала очевидной, однако сам Талгат Таджуддин понадеялся на лучшее и не стал переносить свою командировку в Турцию. Это стало его решающей ошибкой¹⁰⁰.

19 августа 1992 года имам-мухтасиб Уфимского мухтасибата Нурмухаммед Нигматуллин выступил по местному телевидению и заявил о намерении создать национальный башкирский муфтият. На следующий день Башкирский национальный центр «Урал» и Татарский общественный центр Башкортостана выступили с совместным заявлением «О ситуации в ДУМЕС», в котором поддержали обвинения, выдвинутые против Таджуддина (психическое заболевание, авторитарное руководство, финансовые злоупотребления) и одобрили идею созыва учредительного съезда башкортостанского ДУМ¹⁰¹. 21 августа 1992 года имам-мухтасиб Уфимского мухтасибата Нурмухаммад Нигматуллин, ответственный секретарь ДУМЕС Нафигулла Аширов и главы Стерлитамакского, Октябрьского и Сибайского мухтасибатов созвали съезд, поставившей своей целью учредить независимое ДУМ Республики Башкортостан (ДУМ РБ). На съезд прибыло около 250 делегатов, представлявших 120 мусульманских общин Башкортостана, а также ведущие националистические партии республики¹⁰².

Съезд открыл Нурмухаммад Нигматуллин, который обосновал необходимость отделения от ДУМЕС самоустраненностью Таджуддина от конкретных дел, его психической болезнью, оскорбительным обращением с сотрудниками, финансовыми злоупотреблениями, а также целесообразностью восстановления независимого башкирского муфтията.

При этом Нигматуллин подчеркнул, что ни в коем случае не призывает к упразднению ДУМЕС и снятию с должности его председателя. Большинство выступавших поддержало предложения Нигматуллина, а выступления немногочисленных сторонников Таджуддина оказались проигнорированы. По итогам съезда практически единогласно (194 голосами из 200) было принято решение о создании ДУМ РБ, утверждении его устава и назначении Нурмухаммада Нигматуллина муфтием Башкортостана. В президиум ДУМ РБ были избраны также бывший ответственный секретарь ДУМЕС Нафик Аширов, стерлитамакский имам-мухтасиб Ришат Рафиков, октябрьский имам-мухтасиб Гусман Исхаков и сибайский имам-мухтасиб Аглям Газизов¹⁰³.

На следующий день, 22 августа, в Набережных Челнах открылся учредительный съезд ДУМ Республики Татарстан (ДУМ РТ). В его оргкомитет и президиум вошли те же самые имамы, которые инициировали созыв учредительного съезда ДУМ РБ, благодаря чему он был проведен по аналогичной уфимскому съезду схеме. Председательствующий на съезде бугульминский имам-мухтасиб Сулейман Зарипов почти дословно повторил выдвинутые днем ранее обвинения в адрес Талгата Таджуддина и призвал к образованию независимого ДУМ РТ, «мысли о создании которого зрели у нас уже 3–4 года». В ходе голосования решение об образовании ДУМ РТ было принято единогласно (сторонники Таджуддина к этому времени покинули съезд). На должность председателя ДУМ РТ первоначально предлагалось избрать октябрьского имам-мухтасиба Гусмана Исхакова, однако после его самоотвода муфтием был избран второй кандидат – имам-хатыб казанской мечети «Нурулла» Габдулла Галиуллин (Галиулла), активно поддержанный татарскими националистами. Отличительной особенностью учредительного съезда ДУМ РТ стало небольшое количество присутствовавшего на нем духовенства (всего 20 человек из 200 делегатов) и нефиксированный состав участников¹⁰⁴.

«Раскол ДУМЕСа был предрешен, тем более, что на авансцену уже вышли эмиссары международных благотворительных фондов, которые финансировали и это проходившее в театре Г. Камала собрание. Для всех стало ясно, что арабские спонсорские деньги лучше получать напрямую, а не через Уфу», – так писал об этом съезде первый заместитель муфтия Татарстана Валиулла Якупов¹⁰⁵.

Нарастающий центробежный процесс затронул и другие регионы. О своей солидарности с инициаторами раскола заявили саратовский имам-мухтасиб Мукаддас Бибарсов, тюменский имам-мухтасиб Галимзян Бикмуллин и ряд других лидеров ДУМЕС. Началось создание независимых духовных управлений в Поволжье и Сибири¹⁰⁶.

23 августа поздним вечером Талгат Таджуддин вернулся из Турции и сразу же дал интервью уфимской радиостанции «Шарк», в котором назвал съезды ДУМ РБ и ДУМ РТ незаконными и призвал к сохранению единства ДУМЕС. 26 августа он созвал расширенный пленум ДУМЕС, на который прибыли оставшиеся верными ему имам-мухтасибы. Пленум осудил действия раскольников, а инициаторов раскола – казыев Нурмухаммеда Нигматуллина и Нафика Аширова, а также имам-мухтасибов Гусмана Исхакова (Октябрьский мухтасибат), Мукаддаса Бибарсова (Саратовский мухтасибат), Галимзяна Бикмуллина (Тюменский мухтасибат), Гумара Валеева (Свердловский мухтасибат), Газиза Аглямова (Сибайский мухтасибат), Сулеймана Зарипова (Бугульминский мухтасибат), Ришата Рафикова (Стерлитамакский мухтасибат), Наиля Сахибзянова (Пермский мухтасибат) и Идриса Галяутдинова (Набережночелнинский мухтасибат), освободил от занимаемых должностей¹⁰⁷.

Расширенный пленум, конечно, не привел к прекращению раскола, однако продемонстрировал готовность Таджуддина к дальнейшей борьбе, тем более что ситуация в ДУМЕС складывалась не столь безнадежно, как некогда в ДУМСК. Руководство 15 мухтасибатов из 25, в том числе таких стратегически важных, как Казанский и Московский, не было вовлечено в раскол и сохранило лояльность Таджуддину. Кроме того, далеко не все общины «мятежных» мухтасибатов вошли в состав новообразованных ДУМ.

С другой стороны, власти Башкортостана и Татарстана поддержали новообразованные муфтияты, создание которых вполне соответствовало интересам их национальной и религиозной политики. Получили поддержку региональных властей и мухтасибы Саратова, Тюмени и Симферополя, в то время как чиновники из федерального центра не спешили вмешиваться в ситуацию и защищать единство ДУМЕС.