Вскоре преп. Феодор был посвящен в сан пресвитера. Почин в этом деле принадлежал игумену Платону. Наблюдая подвижническую жизнь преп. Феодора во всех ее частностях, игумен Платон признал его достойным предстоятельства, так как он сиял всеми иноческими добродетелями, сделался посредством совершенного умерщвления своей плоти чистейшим храмом непорочности и всего себя посвятил служению Пресвятой Троице. Но, кроме соображений морального характера, игумен Платон руководствовался мотивами и дисциплинарно-административного свойства. Дело в том, что братство Саккудионского монастыря постепенно умножалось, его деятельность расширялась^[65], а вместе с тем увеличивались и труды игумена Платона, объединявшего в своей власти все функции многотрудного монастырского предстоятельства. Значит, явилась неотложная потребность в помощи для успешного управления Саккудионом. Правда, преп. Феодор уже разделял, с одобрения Платона, его административные труды, но это участие юного инока в игуменской власти являлось актом частным и временным. Надлежало придать этой деятельности инока более авторитетный характер. Священство преп. Феодора явилось, таким образом, не только достойной наградой за его аскетические доблести, но и свидетельством его дисциплинарных полномочий; оно возвышало его в ряду других членов Саккудионского братства, ставило его в число официальных должностных лиц монастыря. Впрочем, сам преп. Феодор не разделял воззрений своего духовного отца и весьма скромно оценивал и свои аскетические труды, и свое положение в монастыре. Когда игумен Платон сообщил ему о священстве, преп. Феодор попытался уклониться от этой высокой чести. Чувства страха и скорби волновали его при одной мысли о пастырстве, поэтому на первых порах он решительно отказался. А затем иноческое послушание, покорность воле игумена, смирение и присущая преп. Феодору идея о Божественном Промысле заставили его подчиниться намерению игумена Платона. В конце 789 года преп. Феодор отправился вместе с игуменом Платоном в столицу.

Современный константинопольский патриарх Тарасий «с великою радостью» приветствовал желание преп. Феодора принять священство. Эта радость будет вполне понятна, если иметь в виду, во-первых, личные доблести преп. Феодора и, во-вторых, его отношение к иконоборчеству (о котором патриарх Тарасий мог узнать от игумена Платона, участника Седьмого Вселенского Собора). Известно, что в составе византийского духовенства того времени было немало лиц, разделявших иконоборческие воззрения. В связи с существованием иконоборческой партии в иерархии возник вопрос о направлении высшей церковной политики в Византии, то или иное колебание которой могло отразиться и на всем положении Византийской Церкви. Значит, для византийской патриархии в высшей степени было важно усилить партию иконопочитателей и дать церковно-общественной жизни в Византии течение, согласное с постановлениями Седьмого Вселенского Собора. Преп. Феодор, ученик авторитетного участника этого Собора, игумена Платона, являлся весьма желательным для православной партии членом, поэтому патриарх и принял его как «вожделенное сокровище». Он возложил на него свою святительскую руку и совершил над ним таинство священства, начав с низшего иподиаконского чина и окончив чином пресвитера^[66].

Принятие священного сана стало для преп. Феодора могучим стимулом в деле нравственного совершенства. Проникнутый идеями о величии, непостижимости и необъятности священства, признавая его величайшей наградой за прежние свои труды и усматривая в нем побуждение к новому моральному восхождению, преп. Феодор всецело посвятил себя подвигам созерцания. Он истощал плоть трудами, постом и почти непрерывным бодрствованием, отвлекал чувства от мирских и плотских восприятий, постоянно молился, слагал священные песнопения и не переставал воспевать гимны в прославление и хвалу Господа, часто читал книги Священного Писания, сосредоточивал ум на предметах Божественных, был всецело проникнут любовью к Богу и, живя одной только душою, проводил время в духовной беседе и непосредственном общении с Господом. Достигнув высокой степени морально-созерцательной жизни, преп. Феодор хотя и находился на земле, но был вне помыслов, стремлений и интересов телесного бытия^[67].

Между тем братство Саккудионского монастыря возросло до ста человек. Игумен Платон, достигший уже почтенного возраста, был утомлен трудами предстоятельства и желал передать управление обителью другому деятелю. Самым достойным преемником был преп. Феодор. К нему игумен Платон и обратился со словами увещания и просьбы. Он указал, с одной стороны, на нравственную высоту Феодора, его энергию и молодость, а с другой – на свою старость и утомление от трудов.

Но преп. Феодор и слышать не хотел о предстоятельстве в Саккудионе. К категорическому отказу побудили его чувства глубокого смирения и скромности, а также понимание важности и трудности настоятельства в монастыре. Преп. Феодор, несмотря на постоянное восхождение в добродетели, избегал всякой чести и желал оставаться на последнем месте в Саккудионском братстве; игуменская власть представлялась ему тяжелым бременем, превосходящим его слабые духовные силы. В оценке значения игуменства преп. Феодор опирался на авторитет св. Григория Богослова, который признавал науку управления людьми более трудной, чем умение подчиняться^[68]. К тому же власть игумена должна проявляться относительно мужей, постепенно усовершающихся в добродетели, она простирается не только на их дела и речи, но и сокровенные помыслы и тайные душевные состояния. А руководительство и врачевание в этом направлении требуют большого знания души человеческой, опыта, самого тщательного наблюдения за монастырской дисциплиной, ума, достигшего отрешенности от земли и плоти. Не признавая за собой таких духовных достоинств, преп. Феодор умолял дядю не облекать его высокими полномочиями игуменства и поставить его смиренномудрие выше обычной покорности. Игумен Платон уступил просьбе преп. Феодора, но затем благодать Божия промыслительно привела святого подвижника к пастырскому возвышению, дабы он светом своих блистательных дел сиял всему Саккудионскому монастырю и даже далеко за пределами его^[69].

В 794 году игумен Платон опасно заболел. Предчувствуя кончину, он устроил собор (σύνοδον) всех своих духовных сынов, сказал им о своей серьезной болезни, дал несколько наставлений относительно монастырской жизни и просил избрать нового предстоятеля священной обители. Совещание братства было непродолжительно. Иноки в один голос (μια φωνή) назвали своим игуменом Феодора. Тогда Платон вызвал его на средину собрания и постарался склонить к принятию власти. Он дал понять, что болезнь его смертельна, указал на то, что в игуменство преп. Феодора избрали единогласно всем духовным собором (πνευματικός σύλλογος) братьев во Христе, отметил, что в этом выразилось общее желание и воля братства. Преп. Феодор был в затруднении, болезнь его духовного отца Платона, уставное избрание всем Саккудионским братством с игуменом во главе убедили преп. Феодора подчиниться общему единодушному решению, и он вопреки своей воле принял игуменскую власть. Однако сознание собственного недостоинства, страх за свою немощь и трепет от предстоящей ответственности были присущи преп. Феодору в течение всего его игуменства сперва в Саккудионе, потом в Студийском монастыре и составляли характерный мотив его огласительных поучений. Любопытно отметить, что избрание преп. Феодора в игуменское звание произошло в соответствии с господствовавшим в Византии порядком избрания настоятелей – путем решения вопроса на собрании всего монастырского братства. Этой чести преп. Феодор был удостоен на тридцать пятом году своей жизни, после тринадцатилетнего пребывания в монастыре^[70].

Став во главе Саккудионского монастыря, преп. Феодор энергично приступил к его благоустройству. С особенной любовью и рвением он занялся руководительством в деле религиозно-нравственного совершенства монастырского братства. Все иноки монастыря обязаны были открывать игумену свои помыслы, исповедовать пред ним чувства и стремления и указывать препятствия на пути внутреннего роста. Преп. Феодор проявил себя как мудрый и опытный духовный врач. В соответствии с духовным состоянием каждого инока он предлагал различные врачевания, гася пламя страстей, устраняя дурные помыслы; он действовал то словом кротким, то могучим и сильным. Преп. Феодор внушал инокам долг борьбы с врагом нашего спасения, увещевал быть бдительными, зоркими и внимательными, отклонять даже и помыслы о зле и усовершенствовать себя в систематическом делании добра. Наставления, предназначенные для всех монахов, преп. Феодор предлагал в форме особых катехизических поучений, которые произносил три раза в неделю. Эти оглашения, проникнутые горячей любовью к иночеству, его идеалам и подвигам, могли бы тронуть даже каменное сердце; они приносили инокам большую пользу и доставляли им много умиления и утешения. Одновременно преп. Феодор учил братство своей личной жизнью, исполненною по-прежнему многих добродетелей и являвшеюся образцом для подражания^[71]. Так и словом и делом св. Феодор возводил Саккудионское братство к моральному совершенству и постепенно подготовил его к великой борьбе за Евангелие, Церковь и каноны, в которую монахам во главе со своим игуменом пришлось вступить на второй год пребывания св. Феодора в звании предстоятеля Саккудионской обители.