19 ноября 1857 г. снова отправился в Иерусалим, «на бессрочное пребывание», где жил по-прежнему в греческом монастыре, совершая требы для русских богомольцев. 14 апреля 18 61 г. по представлению начальника РДМ, епископа Кирилла, указом Святейшего Синода определен штатным членом Миссии, получил золотой наперсный миссионерской крест. 29 августа 1862 г. награжден набедренником.
8 1864 г., когда, с назначением нового начальника архимандрита Леонида (Кавелина), по решению Св. Синода был обновлен весь состав Миссии, отец Вениамин был отчислен и вновь вынужден перейти в один из греческих монастырей (известно, что некоторое время он жил в Лавре Преп. Саввы Освященного). С 8 января 1871 г., по представлению Антонина зачислен в штат РДМ[127].