В мае месяце, незадолго до отъезда Иеремии из Москвы, царь Федор Иванович приказал написать на пергамене золотом и червленою краскою «для утверждения от рода в род и навеки» уложенную грамоту о Русском патриаршестве, в которой можно различать две главные части. В первой части говорится о пришествии святейшего Иеремии в Москву и о том, как совещался с ним государь, желая «почтить и украсить св. соборную церковь Пресв. Богородицы превысоким престолом патриаршества и тем великим делом царствующий град Москву и все свое великое Российское царство наипаче прославить и возвеличить во всю вселенную», и как действительно учреждено патриаршество в России и поставлен первый Русский патриарх Иов. Достойны замечания слова, которые, по свидетельству грамоты, произнес Иеремия царю, когда услышал мысль его о Русском патриаршестве. «Поистине, – сказал будто бы Иеремия, – в тебе, благочестивом царе, пребывает Дух Святой, и от Бога такая мысль тобою будет приведена в дело… Ибо древний Рим пал Аполлинариевою ересью, а второй Рим – Константинополь – находится в обладании внуков агарянских, безбожных турок; твое же великое Российское царство, третий Рим, превзошло всех благочестием, и все благочестивые царства собрались в твое единое, и ты один под небесами именуешься христианским царем во всей вселенной, у всех христиан, и по Божию промыслу, по милости Пречистой и по молитвам новых чудотворцев Российского царства Петра, Алексия и Ионы и по твоему царскому прошению у Бога, твоим царским советом сие превеликое дело исполнится». Во второй части грамоты повествуется, что потом, т. е. после возведения Иова на патриаршество, но какого месяца и числа, неизвестно, по произволению царя и великого князя Федора Ивановича «на утверждение православныя веры и в почесть превеликаго престола патриаршаго царствующаго града Москвы» оба патриарха – Иеремия и Иов – со всеми прочими святителями, русскими и греческими, и со всем освященным Собором советовали и соборне уложили – быть в великом царстве Русском четырем митрополитам: в Новгороде, Казани, Ростове и на Крутицах; шести архиепископам: в Вологде, Суздале, Нижнем Новгороде, Смоленске, Рязани и Твери, где прежде были епископы, и восьми епископам: в Пскове, Ржеве, Устюге, Белозерске, Коломне, Брянске, Дмитрове и еще в каком-то городе, не названном в грамоте. Все эти епископии, кроме Коломенской, существовавшей прежде, предположено было открыть вновь. Вместе с тем соборне уложили: впредь Русским патриархам поставляться в царствующем граде Москве от своих митрополитов, архиепископов и епископов по избранию Собора, с утверждения своего государя, и новопоставленному Московскому патриарху извещать о своем поставлении Вселенского патриарха, который также будет отписывать ему о своем поставлении; всех же митрополитов, архиепископов и епископов русских по избранию Собора и соизволению государя поставлять Московскому патриарху. Эту уложенную грамоту скрепили: сам царь своею печатью, оба патриарха печатями и подписями, три русских митрополита и греческий печатями и подписями, пять русских архиепископов и греческий подписями, а два из них и печатями, один епископ печатью и подписью и затем многие архимандриты, игумены и старцы – только подписями. В последний раз пред отъездом Иеремии государь принимал его у себя еще с большею торжественностию, чем в первый; вновь одарил его, и его родственников, и всех прибывших с ним весьма щедро и, между прочим, собственноручно передал ему драгоценную митру, осыпанную жемчугом и каменьями, с распятием наверху и с жемчужною надписью вокруг: «От царя патриарху». А когда Иеремия, отправившийся в Литву и провожаемый на всем пути по России со всеми почестями, переехал русскую границу, его настиг в Орше посланец царский и вручил ему от имени царя тысячу рублей на сооружение патриархии в Царьграде и вместе с грамотами от царя и от Годунова к самому Иеремии грамоту к турецкому султану Мурату, в которой Федор Иванович просил Мурата, чтобы он велел своим пашам «держать патриарха Иеремию в бережении по старине во всем».

Отпуская Вселенского патриарха из Москвы, государь выразил ему желание, чтобы учредившееся в России патриаршество было еще утверждено Собором Восточных иерархов и вместе было определено отношение Русского патриарха к прочим. Иеремия, немало замедливший на пути в Западной России и Молдавии и возвратившийся в Константинополь только весною 1590 г., в точности исполнил желание Федора Ивановича. В мае 1591 г. прибыл в Москву от святейших патриархов Тырновский митрополит Дионисий, происходивший из рода бывших греческих императоров Кантакузенов и Палеологов, и 20 июня представил государю соборную грамоту о Русском патриаршестве. В ней говорилось, что Иеремия, как только возвратился в Царьград, созвал великий Собор, рассказал собравшимся отцам о своем пребывании в Москве, о благочестии московского государя, обширности и величии его царства, о просьбе царя, чтобы в России учреждено было особое патриаршество, и объявил, что он, Иеремия, склонился на просьбу царя, поставил в Москве патриарха Иова и дал ему патриаршую хрисовулу, да почитается достоинством и честию с иными патриархами вовеки. Дело это показалось присутствовавшим патриархам «любо и благословенно», и они со всем великим Собором постановили: «Во-первых, признаем и утверждаем поставление в царствующем граде Москве патриарха Иова, да почитается и именуется он и впредь с нами, патриархами, и будет чин ему в молитвах после Иерусалимского, а во главе и начале держать ему апостольский престол Константинаграда, как и другие патриархи держат; во-вторых, патриаршее имя и честь дано и утверждено ныне не одному только господину Иову, но произволяем, чтобы и по нем поставлялись Московским Собором патриархи в России по правилам, как началось от сего сослужбника нашего смирения и о Св. Духе возлюбленного брата нашего Иова. Для того и утверждена сия уложенная грамота на память вовеки лета 1590, месяца мая». Грамоту подписали патриархи: Константинопольский Иеремия, Антиохийский Иоаким, Иерусалимский Софроний (Александрийская кафедра была тогда праздною) и бывшие на Соборе 42 митрополита, 19 архиепископов и 20 епископов. Другую соборную грамоту митрополит Дионисий представил патриарху Иову. Здесь Восточные патриархи с Собором писали: «Имеем тебя всегда нашим братом и сослужбником, пятым патриархом, под Иерусалимским, и в священных молитвах поминаем тебя, как мы промеж себя поминаемся; поминай и ты нас всегда в молитвах, вначале же святейшего Иеремию, архиепископа Константинопольского, как и мы его начальным имеем и большим братом именуем; повели также и всем архиереям во всей своей области, да поминают нас в молитвах». Третья соборная грамота была боярину Борису Федоровичу Годунову: ему прежде всего выражали иерархи свою благодарность за его любовь к ним и милости и свою великую радость, что по его желанию, как и по изволению святого царя, совершилось в Москве поставление патриарха, которое теперь утверждено Собором. Кроме соборных грамот митрополит Дионисий привез частные грамоты патриарха Иеремии царю, царице, патриарху Иову и Годунову. Во всех этих грамотах излагались просьбы о пособии и милостыне. Иова, например, Иеремия просил походатайствовать пред царем, «да сотворит пригожую помощь, какую обещал в своей палате при поставлении его, Иова, на патриаршество», а Годунова просил попечаловаться, чтобы государь выслал на сооружение Цареградской патриархии шесть тысяч золотых. Федор Иванович остался вполне доволен тем, что Русское патриаршество утверждено было соборною грамотою Восточных иерархов. И потому, щедро наделив самого митрополита Дионисия, отправил чрез него (в феврале 1592 г.) патриархам: Цареградскому Иеремии омофор, осыпанный жемчугом, золотую чару для святой воды и убрусец с дробным жемчугом, а на сооружение патриаршей церкви и дома сорок сороков соболей, тридцать сороков куниц, десять горностайных мехов и пятнадцать пудов рыбьего зуба; Александрийскому Мелетию Пигасу, недавно вступившему на эту кафедру, святительскую митру, золотую чару для святой воды, убрусец с дробным жемчугом и четыре сорока соболей и точно такие же подарки Антиохийскому Иоакиму и Иерусалимскому Софронию. Но недоволен был государь тем, что Русскому патриарху назначили в ряду патриархов пятое место, после Иерусалимского, и что, хотя по случайному обстоятельству, соборная грамота о Русском патриаршестве не была подписана и утверждена Александрийским патриархом. Последнее обстоятельство могло наиболее озабочивать государя, потому что Мелетий, занявший теперь Александрийскую кафедру, как известно, открыто порицал Иеремию за то, что он единолично, без согласия прочих патриархов учредил Русское патриаршество. Вследствие этого в своем ответном послании Иеремии царь, выражая ему свою благодарность за соборную грамоту и упоминая о своем великом жалованье, писал: «А мы, великий государь, с первопрестольником нашим Иовом патриархом, и с митрополитами, архиепископами, и епископами, и со всем освященным Собором нашего великого царства, советовав, уложили и утвердили навеки – поминать в Москве и во всех странах нашего царства на Божественной литургии благочестивых патриархов, во-первых, Константинопольского Вселенского, потом Александрийского, потом нашего Российского, потом Антиохийского, наконец, Иерусалимского, какие патриархи на тех престолах будут». И вслед за тем просил, чтобы о переменах на патриарших престолах присылались письменные известия в Россию для возношения имен новых патриархов в молитвах, как и из России будут присылаться такие же известия на Восток, и чтобы имя Русского патриарха всегда поминалось в церковных молитвах по всему православному Востоку, как имена Восточных патриархов будут поминаться по всей России. А в послании к Александрийскому патриарху Мелетию, которое, равно как и послания к двум остальным патриархам, довольно сходно с посланием к Иеремии, царь, в частности, просил, чтобы Мелетий известил его своим писаньем «о утверждении» патриарха Иова. Сам Иов в послании к Иеремии также извещал его, что освященным Собором в Москве с соизволения государя определено поминать в молитвах Русского патриарха на третьем месте, вслед за Александрийским, и также просил сообщать известия в Россию о будущих переменах на Восточных патриарших престолах, обещаясь, что и Русские патриархи со своей стороны будут сообщать на Восток такие известия.

Когда патриарх Александрийский Мелетий получил послание царя Федора Ивановича, то поспешил в Царьград, и здесь составился в присутствии московского посла Григория Афанасьева 12 февраля 1593 г. новый Собор Восточных иерархов, во главе которых находились патриархи: Цареградский Иеремия, Александрийский Мелетий, имевший голос и Антиохийского Иоакима, недавно скончавшегося, и Иерусалимский Софроний. Речь на Соборе вел теперь Мелетий Александрийский, не присутствовавший на прежнем Соборе, рассуждавшем о Русском патриаршестве. Ссылаясь на 28-е правило Халкидонского Собора, утвердившего преимущества Константинопольского патриарха, ради царствующего града нового Рима, равные тем, какие прежде даны были отцами престолу древнего Рима, Мелетий говорил, что признает вполне законным учреждение патриаршества и в царствующем граде Москве и считает Московского патриарха равным по чести и достоинству всем прочим православным патриархам. Но, с другой стороны, указывая на правила Соборов (6-е – Никейского и 36-е – Трульского), определяющие иерархическую последовательность патриарших престолов, заявил, что не находит возможным дать Московскому патриарху третье место в ряду патриархов, а признает его пятым, после Иерусалимского. Прочие патриархи вполне согласились с мнением Мелетия, а Иеремия прибавил: «Так мы и прежде учинили и письменно изложили благочестивейшему царю». Вслед за тем Собор постановил: «Присуждаем, чтобы благочестивейший царь московский и самодержец всея России и северных стран, как поныне воспоминается в священных службах Восточной Церкви, в священных диптихах и на св. проскомидиях, так был бы возглашаем и в начале шестопсалмия по окончании двух псалмов о царе, т. е. по имени, как православнейший царь». Это деяние Собора, которое изложил в письмени сам Мелетий, за подписями присутствовавших на Соборе было вручено московскому послу Григорию Афанасьеву и отправлено к царю Федору Ивановичу и патриарху Иову. Патриархи, без сомнения, не могли не понимать, что их новое соборное решение не удовлетворит вполне русского правительства, потому что и теперь, утвердив Московское патриаршество, они не согласились дать Московскому патриарху третьего места в среде своей, чего так настойчиво желали в Москве. Наиболее же должен был чувствовать это Александрийский патриарх Мелетий, которого царь особо просил относительно Русского патриаршества и которому на последнем Соборе в Царьграде пришлось иметь преимущественный голос. Потому-то одновременно с тем, как отправлено было в Москву деяние этого Цареградского Собора, Мелетий послал туда же от себя чрез своего архимандрита Неофита письма к царю, царице, патриарху Иову, Годунову и Щелкалову. Каждое из названных лиц он извещал о соборном решении, утвердившем Русское патриаршество и отправленном в Москву, и каждому выражал свои благожелания. Но особенно старался угодить патриарху и царю. Первому он говорил: «Справедливо поступил руководимый свыше благочестивейший царь Федор Иванович с святейшим братом и сослужбником нашим кир Иеремиею, архиепископом Константинопольским и Вселенским патриархом, когда, созвавши Собор, начали прекрасное и богоугодное учреждение патриаршего престола. Священными грамотами благочестивейшего царя призваны были и мы признать этот престол на полном Соборе. Почему, пришедши в Константинополь, в нынешней патриархии Пресв. Богородицы-Целительницы, мы утвердили то учреждение, считая достойным, чтобы царствующий и православнейший город Москва был возвеличен и в делах церковных с предоставлением ему чести, подобающей патриаршему престолу. Это вы и найдете в томе соборного деяния, скрепленном нашими собственноручными подписями, с печатьми некоторых митрополитов, архиепископов и епископов». Вместе с письмом Мелетий послал от себя к Иову и посох и говорил: «Да имеет твой высочайший патриарший престол в дар от нас этот посох, который имел доселе у нас великую цену, впрочем, не дороговизною вещества своего, а почтенною древностию… Этот посох преблаженного кир Иоакима Александрийского, который патриаршествовал 79 лет, живши сто лет, и который, испив яд, остался по благодати Христовой невредим». В послании к царю Федору Ивановичу Мелетий превозносил его благочестие, восхвалял самую мысль его об учреждении патриаршества в России и писал: «Имея всегдашнюю заботливость и любовь к апостольским престолам патриаршего достоинства и придерживаясь их, как вечно текущих и неиссякающих источников спасительнаго проповедания, ты не только простираешь руку помощи им, хотя они и далеко отстоят от тебя, но и находящийся в твоем царстве церковный престол ты возревновал возвесть в патриаршее достоинство, чтобы Христос Бог, умножающий твое царство, видел и Свое царство умножаемым тобою». Сказав затем об утверждении Русского патриаршества Константинопольским Собором и о соборном деянии, отправленном в Россию, Мелетий продолжал: «Тебе за твои подвиги следует быть увенчанным двойною диадемою: одну имеешь ты от предков, свыше… другую же представляем тебе мы. Эта диадема (головной убор) дана святым Ефесским Собором, бывшим при достославном самодержце Иустиниане, апостольскому престолу Александрийскому, и ею по примеру святейшего папы старейшего Рима одни только предстоятели Александрийской Церкви имели обычай украшаться». В заключение своего письма к царю Мелетий давал ему совет: «Заведи у себя, царь, училище греческих наук, живой огонь священной мудрости, ибо у нас источник мудрости грозит иссякнуть совершенно». Все письма и подарки Александрийского патриарха не в состоянии были подавить в русских чувство недовольства решением Константинопольского Собора, но против этого решения они ничего не могли сделать и поневоле должны были ему покориться.

Таким образом, для учреждения патриаршества в России потребовалось около семи лет. Первая мысль об этом учреждении принадлежала царю Федору Ивановичу, или, точнее, он первый высказал ее и сам усвоял ее себе. «Мысли свои о таком превеликом деле, – писал он к патриарху Иеремии в грамоте, посланной чрез Тырновского митрополита Дионисия, – объявляли есмя слуге нашему и конюшему боярину Борису Федоровичу Годунову, а велели ему нашего царского величества и нашие благоверные царицы и великие княгини о том мысль свою тебе, святейшему патриарху Иеремии, сказати». Основанием ее послужило сознание, которое вместе с царем разделяли и его подданные, что ветхий Рим с подчиненными ему на Западе церквами, как выражались тогда, пал от ереси Аполлинариевой, новый Рим, Константинополь, и все патриаршие Церкви на Востоке находились во власти безбожных турок, а великое царство Русское расширялось, процветало и благоденствовало, и православная вера в нем сияла для всех, как солнце. И потому царь находил справедливым почтить Церковь Русскую учреждением в ней патриаршества, и патриаршим престолом украсить свой царствующий град Москву, и возвеличить все свое царство, и для того воспользовался прибытием в Москву патриарха Иеремии. Что же привнесло в Россию патриаршество? Оно не возвысило и не увеличило власти Русского первосвятителя: и сделавшись патриархом, он остался с тою же самою властию по отношению к подведомой ему Церкви, какую имел, когда был митрополитом. Да и не могло возвысить, потому что власть и прочих патриархов по отношению к подчиненным им Церквам, сообразно с священными канонами, отнюдь не больше той, какою пользовался Русский митрополит в своей церковной области; власть эта всегда ограничивалась властию соборною. Но патриаршество возвысило самого Русского первосвятителя и Русскую Церковь пред лицом всего христианства. Он взошел на такую степень, выше которой нет в православной церковной иерархии, и из подчиненного Цареградскому патриарху сделался совершенно равным ему и прочим патриархам по достоинству. А Русская Церковь, считавшаяся доселе только одною из митрополий Константинопольского патриархата, сделалась сама независимым патриархатом и самостоятельною отраслию Церкви Вселенской. Это возвышение Русского первосвятителя видимо для всех выражалось тем, что прежде, когда он был митрополитом, ему подчинены были только архиепископы и епископы, а теперь под властию его находились митрополиты с архиепископами, епископами и прочим духовенством. Выражалось еще и некоторыми внешними преимуществами при богослужении, о которых, впрочем, известия относятся уже к последующему времени, например, митру он носил с крестом наверху, мантию бархатную зеленую или багряную, саккос с наперстником; амвон, на котором облачался в церкви, был возвышен на двенадцать ступеней, тогда как у митрополичьего амвона их было только восемь, и пр. Вследствие всего этого Русский первосвятитель возвысился и в понятиях всех сынов подведомой ему Церкви, и к нему они начали относиться с еще большим уважением, чем относились прежде, когда видели в нем только митрополита.

Период патриаршества в России подразделяется на две почти совершенно равные части, или отдела. В первые 65 лет (1589–1654) власть Русского патриарха простиралась не на всю Русскую Церковь, но лишь на ту, впрочем значительнейшую, часть ее, которая находилась в Московском государстве и прежде составляла Московскую, или Восточнорусскую, митрополию; а вся Западнорусская, иначе Литовская, митрополия, находившаяся во владениях литовско-польского короля, оставалась по-прежнему под властию Цареградского патриарха. В последние 66 лет (1654–1720) власть Русского патриарха постепенно распространялась на всю Русскую Церковь, потому что с присоединением Малороссии к Великой России и Западнорусская митрополия начала мало-помалу подчиняться Московскому патриарху и, наконец, подчинилась вполне с согласия самого Цареградского патриарха. В первую половину периода было только патриаршество Московское и всея Великия России и совершенно отдельно от него существовала Западнорусская митрополия. Во вторую половину Московское и всея Великия России патриаршество стало исподволь превращаться и действительно превратилось в патриаршество всея России, принявши в состав свой и Западнорусскую митрополию.