В Грецию он путешествовал только однажды – в 1333 г., но не это тяготило первосвятителя. В самой Греции происходили тогда церковные смуты, которые были очень неблагоприятны для Церкви Русской. Все духовенство греческое занято было спорами о свете фаворском, возбужденными, с одной стороны, Варлаамом и Акиндином, а с другой – преподобным Григорием Паламою. В Константинополе составляемы были Соборы (1341–1345) в защиту то одной, то другой стороны, в которых принимали участие и императоры. Сам патриарх Иоанн XIV держался мнений Варлаама и Акиндина и предавал анафеме последователей Паламы. Волнение обнимало всю столицу. Во время этих-то смут открыта была особая митрополия в Галиче с подчинением ей всех епархий Волыни, или, по-тогдашнему. Малой России: Владимирской, Холмской, Перемышльской, Луцкой и Туровской. Главным действователем при этом был епископ Галицкий (вероятно, Феодор), который употребил все меры, чтобы достигнуть своей цели. Слухи об открытии Галицкой митрополии, естественно, огорчили митрополита Феогноста и великого князя московского Симеона, и они, посовещавшись между собою, отправили в 1346 г. послов к патриарху «о благословении». Митрополит писал еще о каких-то преступлениях Галицкого епископа, о которых он уже извещал патриарха и прежде. Обстоятельства оказались благоприятными. В январе 1347 г. взошел на константинопольский престол новый император – Иоанн Кантакузен и тогда же патриарх Иоанн XIV Собором низведен с своей кафедры за последование Варлааму и Акиндину. В следующем месяце кафедру эту занял Исидор Бухир, которого Иоанн XIV предавал анафеме за приверженность к Паламе и который, как только сделался патриархом, немедленно начал отменять все, сделанное его предшественником. В августе того же года император издал золотую буллу, в которой извещал, что открытие в Галиции особой митрополии есть нововведение, совершившееся незадолго пред тем во время смутных обстоятельств в Византии; что отныне «святейшие епископии, находящиеся в стране Малой России, называемой Волынью, именно: Галицкая, Владимирская, Холмская, Перемышльская, Луцкая и Туровская», должны подчиняться святейшей митрополии Киевской и всея России, и что это делается по просьбе великого князя русского Симеона и других князей как в силу с давнего времени укоренившегося церковного обычая, так и ради «добродетельной и богоугодной жизни святейшего митрополита Киевского, препочтенного и экзарха всей России Феогноста». Соответственно царской булле и патриарх с своим Собором постановил подчинить вновь и навсегда означенные волынские епископии Киевскому митрополиту, отменить прежнее соборное определение относительно Галицкой митрополии и утвердить, чтобы это новое постановление было соблюдаемо и всеми будущими Цареградскими патриархами и Русскими митрополитами. Вслед за тем император известил нашего великого князя и митрополита особыми посланиями об изданной им булле и состоявшемся по ней соборном определении и, называя открытие Галицкой митрополии нововведением, приписывал это преимущественно злонамеренности прежде бывшего Цареградского патриарха, а митрополиту Феогносту писал еще, чтобы он или сам, если может, приехал в Константинополь, или прислал доверенных людей, которые бы могли присутствовать при производстве суда над Галицким епископом и свидельствовать о его преступлениях. Еще яснее и подробнее император тогда же объяснил все дело относительно Галицкой митрополии волынскому князю Владимиру Любарту в следующем письме: «Ты знаешь, что с самого того времени, как народ русский познал Бога и просветился святым Крещением, утвердилось обычаем и узаконено, чтобы на всю Россию, Великую и Малую, был один митрополит Киевский и чтобы он рукополагал епископов во все святейшие епископии. И ежели некоторые решались иногда нарушить этот порядок, то не могли довести до конца своего намерения, ибо едва только совершалось нарушение, тотчас же следовало и восстановление прежнего порядка и прежнего обычая, как это знаете и вы. Между тем незадолго пред сим архиерей Галицкий, несмотря на то что на него возводимы были обвинения, в которых он должен был дать ответ пред святейшим митрополитом Киевским, препочтенным и экзархом всея России, кир Феогностом, пришедши сюда, воспользовался бывшим тогда временем нестроения. Обратившись к бывшему патриарху Константинопольскому, который по злонамеренности сделал много и другого, противного Божественным и священным канонам, заискавши вместе и у разных лиц, худо и нерадиво управлявших государством, которые и были виновниками упомянутого нестроения, потому что искали не общественной пользы, а только удовлетворения собственным желаниям, тот Галицкий архиерей возведен был из епископа в митрополита и получил под власть свою и другие, находящиеся в Малой России, святейшие епископии. Но как ныне по благословлению Божию дела опять приведены в надлежащее состояние и сам бывший патриарх Константинопольский низвержен с кафедры за свои проступки и за управление, противное Божественным и священным канонам, а избран и поставлен по определению Собора Вселенский патриарх, признанный достойным того и способным за его добродетель и богоугодную жизнь, равно отвергнуто и то, что сделал прежний патриарх Константинопольский вопреки Божественным и священным канонам; то постановлено моим царским определение и соборным решением, чтобы святейшие епископии – Галицкая и другие – подчинялись власти святейшей митрополии Киевской, как прежде, чтобы архиерей Галицкий явился сюда и чтобы с ним после расследования его дела поступлено было так, как окажется справедливым и сообразным с канонами. Посему извещает тебя мое царское величество, чтобы ты позаботился выслать и препроводить сюда архиерея Галицкого. А святейшего митрополита Киевского, препочтенного и экзарха всей России, примите отныне как истинного и законного митрополита – пусть он делает в отношении сих святейших епископий и поставленных над ними боголюбезнейших епископов что следует и что сообразно с канонами и как делалось прежде. И если вы по христианству, которое содержите, по чувству благочестия и, будучи покорны и послушны святой Божией Церкви, охотно приняли церковные грамоты, извещавшие, что архиерей Галицкий сделан митрополитом, то и ныне, когда объявляет та же святая Божия Церковь и определяет и мое царское величие, чтобы восстановился прежний порядок, примите и это с радостию, как должное и относящееся к вашей душевной пользе. Да будет все, как извещает вас мое царское величие». Одновременно с императорским письмом к галицкому князю Любарту патриарх отправил и свое послание к Галицкому митрополиту и обязывал его без отлагательства немедленно явиться на суд в Константинополь. Чем кончился этот суд и какова была последующая судьба этого митрополита – неизвестно. Но митрополит Феогност, получив вновь под свое ведение волынские епархии, вскоре предпринял дальнее путешествие для обозрения их и возвратился из Волыни уже в следующем году.

Святой Феогност успокоился, но не надолго. В 1352 г. какой-то инок по имени Феодорит прибыл, может быть из России, в Константинополь и начал искать себе поставления на кафедру Русской митрополии, уверяя, что Феогност скончался. Патриарх, после тщательного исследования убедившись в противном, предложил искателю повременить, пока он пошлет на место и узнает истину о Феогносте. Но Феодорит, чувствуя свой обман, бежал из Царьграда в Тернов, где был тогда особый патриарх Болгарский, и нашел для себя здесь то, чего не надеялся более найти в Византии. Возведенный в сан митрополита Русского, честолюбец пришел в Россию и поселился в Киеве, у митрополитской кафедры. Этот поступок, равно противузаконный и со стороны Терновского патриарха, и со стороны Феодорита и никогда доселе не случавшийся в Русской Церкви, произвел крайнее огорчение как в Константинополе, так и в Москве. Цареградский патриарх с другими иерархами немедленно осудил Феодорита и разослал в разные места России послания, убеждая «не принимать его, как низложенного Божественными канонами и Божественным и священным Собором». А митрополит Феогност и великий князь русский Симеон поспешили отправить своих послов к патриарху и греческому императору с просьбою, чтобы на Русскую митрополию, когда она сделается праздною, был поставлен не кто другой, как избранный уже в России епископ Владимирский Алексий.

Между тем святому Феогносту суждено было испытать еще скорбь со стороны Новгорода. Любя свободу и независимость, не желая подчиняться ни московскому князю, ни литовскому и никакому другому, новгородцы могли тяготиться и церковною зависимостию от митрополита, особенно когда замечали, что он держит сторону какого-либо князя против них. Так и случилось в 1341 г. Великий князь московский Симеон, вступив с войском своим в Торжок, принудил новгородцев заплатить ему значительную дань, которая казалась для них несправедливою и позорною. При великом князе в Торжке они видели и Феогноста, разумеется, как его единомышленника. Неудивительно, если вскоре за тем, удостоившись посещения митрополита, они приняли его очень неохотно, и местный летописец, прислушиваясь к мнению народа, внес в свою летопись следующие слова: «Приеха митрополит Феогност гречин в Новгород с многими людьми, тяжко же бысть владыце и монастырем кормом и дары». Но это только начало. В 1353 г. неудовольствие новгородцев против митрополита обнаружилось гораздо яснее: владыка их Моисей отправил послов в Царьград к царю и патриарху, прося от них «исправления о непотребных вещех, приходящих с насилием от митрополита». В чем состояли эти насилия со стороны митрополита и точно ли они были, летописи не говорят. И святой Феогност не дождался последствий как своего посольства в Царьград относительно своего преемника, так и посольства Новгородского владыки: после продолжительной болезни доблестный первосвятитель скончался 11 марта 1353 г. от свирепствовавшей тогда язвы, известной под именем черной смерти, и через три дня погребен в московском Успенском соборе неподалеку от своего предшественника – святого Петра.