В самой России тяжкие обстоятельства отечества постоянно вызывали Иону принимать участие в делах гражданских. Обстоятельства эти были: междоусобная брань, которую упорно продолжал вести против великого князя Василия Васильевича князь Димитрий Юрьевич Шемяка с своими сообщниками, и частые набеги татар. Еще в первой своей окружной грамоте ко всем сынам России (в конце 1448 г.), извещая их о своем вступлении на кафедру, митрополит Иона писал: «Вы сами, дети, знаете, сколько зла и запустения земле нашей учинилось от князя Димитрия Юрьевича, сколько пролито христианской крови. Неоднократно он приходил в себя, бил челом великому князю, целовал крест, а недавно еще сам написал на себя клятвенную („проклятую“) грамоту – и все изменяет». Затем святитель убеждал сторонников Димитрия, чтобы они пощадили собственные души, перестали проливать кровь, покорились великому князю, и угрожал в случае их неповиновения и ожесточения затворить в стране их храмы Божии. В следующем году, когда Шемяка, несмотря на свои клятвы, снова восстал против великого князя на Костроме, Василий Васильевич, отправляясь туда с войском, взял с собою митрополита и епископов, может быть в надежде, что они убедят клятвопреступника и образумят; по крайней мере, Шемяка на этот раз действительно смирился. Но чрез несколько месяцев опять поднял рать в Галиче и, будучи побежден великим князем, убежал в Новгород и продолжал действовать оттуда против своего соперника. Святитель Иона обратился с пастырскими наставлениями к новгородцам, несколько раз отправлял к ним своих послов и грамоты, чтобы они не держали у себя князя Димитрия, не ходили с ним проливать христианскую кровь, поберегли свои души; в частности, владыке Новгородскому Евфимию писал, чтобы он убедил Димитрия искренно покаяться и бить челом великому князю. А когда владыка как бы в защиту новгородцев указал однажды на некоторые извинения. Иона отвечал ему: «Ты пишешь, будто я сам называю в моей грамоте князя Димитрия Юрьевича сыном. Посмотри внимательнее в ту мою грамоту и уразумей, так ли в ней написано. Я не велел вам с ним ни есть, ни пить, потому что он сам отлучил себя от христианства, своею волею наложил на себя великую церковную тягость, написал на себя клятвенную грамоту, чтобы не мыслить зла против великого князя, да все то изменил. Так можно ли мне, по Божественным правилам, называть его своим духовным сыном? Нет, я как прежде, так и теперь вместе с прочими владыками считаю князя Димитрия неблагословенным и отлученным от Церкви Божией. Ты пишешь еще, что и прежде русские князья приезжали в дом святой Софии в Великий Новгород и им по силе оказывали честь и, однако ж, прежние митрополиты грамот с такою тягостию не присылали. Но скажи мне, сын мой, какие князья прежде причинили столько зла великому князю, нарушая крестное целование, или, приехав к вам и оставляя у вас всю свою семью, ходили от вас по великому княжению губить христианство и проливать кровь? Как прежде у вас этого не бывало, то так и не писали к вам прежние митрополиты». Вскоре после этой грамоты князь Димитрий Юрьевич скончался в Новгороде (1453). Действуя таким образом на новгородцев своею духовною властию, митрополит не оставлял без внимания и прочих сторонников Шемяки. В продолжение своей многолетней борьбы с Василием Васильевичем он часто находил для себя помощь в колонии новгородской – Вятке. Иона послал туда (около 1452 г.) две грамоты. В одной он укорял вятичей за то, что они соединились с отлученным от Церкви князем Димитрием Юрьевичем и вопреки крестному целованию многократно ходили с ним на вотчины великого князя, грабили и разоряли церкви, бесчеловечно мучили и умерщвляли христиан, продавали пленников в поганство, и убеждал их исправиться, бить челом великому князю, ручаясь за его милость и угрожая в противном случае своим неблагословением. Во второй грамоте, обращенной собственно к пастырям, святитель резко порицал их за их совершенную небрежность в исполнении своего долга, за крайнюю распущенность и испорченность их паствы, налагал на них тягость церковную, пока не исправятся, и говорил, что если вятчане не перестанут от своих злых дел и не покорятся великому князю, то будут отлучены от православной Церкви. Главным союзником Шемяки против великого князя был князь Иван Андреевич можайский. Этот князь, услышав (в 1454 г.), что Василий Васильевич идет на него ратью, бежал со всем семейством своим в Литву. Тогда святитель Иона написал к Смоленскому владыке Мисаилу, чтобы он позаботился, как бы от князя Ивана не сделано было каких пакостей для вотчин великого князя и чтобы сообщил о том литовскому канцлеру.

Ревностный помощник великому князю против врагов внутренних, святитель Иона всячески старался содействовать ему и против внешних врагов – монголов. Зависимость наша от них почти уже не существовала, но они еще часто вторгались в наши пределы и в случае успеха заставляли смиряться нашего великого князя и даже платить ордынскую дань. Чтобы успешнее отражать их набеги, великий князь нуждался в помощи от других русских князей. И вот святой Иона для возбуждения их к этому иногда слал к ним свои пастырские грамоты, как к можайскому князю Ивану Андреевичу, иногда отправлял своих послов, как отправлял к тому же князю Коломенского владыку Геронтия, а иногда убеждал местных епископов ходатайствовать о том пред своими князьями. Так, по случаю похода великого князя Василия Васильевича на казанских татар Иона писал (1451–1452) Тверскому епископу Илии: «Благословляю тебя, моего сына о Святом Духе, чтобы ты по своему святительскому долгу говорил, бил челом и твердо докучал великому князю Борису Александровичу, чтоб послал он к великому князю Василию Васильевичу своих воевод на тех безбожных с своими многими людьми за святые церкви Божии и за все православное христианство. Сам ты знаешь, что если милосердием Божиим учинится какое добро нашему великому государю для устроения христианского и истины, то это будет общее добро всего нашего православного христианства, а если не так станется по грехам нашим, это будет наше общее несчастие… Верую Христу, моему Владыке, что кому случится из православных умереть на той брани, те пострадают за святые церкви Божии и за все православное христианство и подобно древним мученикам восприимут от Христа венец мучения». Еще более святой Иона подкреплял оружие великого князя против татар своими пламенными молитвами. В 1451 г., когда ногайский царевич Мозовша с многочисленными хищниками вторгнулся в Россию, Василий Васильевич, отправляясь из Москвы для собирания войска, поручил ее митрополиту и боярам. Июля 2-го татары приблизились к столице и зажгли ее посады. Сильный ветер гнал на Кремль облака дыма и угрожал ему пожаром. Тогда святитель со всем освященным Собором при бесчисленном стечении народа начал совершать по стенам города крестный ход – и ветер внезапно утих. Увидев во время хода одного инока Чудова монастыря по имени Антония, отличавшегося благочестием, святой Иона сказал: «Брат Антоний, помолись прилежно Богу об избавлении города и всего православия от безбожных агарян», Антоний отвечал: «Ты великий архиерей Божий, твоей молитвы не презрит Богородица – агаряне будут прогнаны, и я один буду уязвлен ими». Когда он произносил эти слова, неприятельская стрела действительно поразила его, и он вскоре умер. Ночью предсказание его исполнилось: враги бежали от Москвы, услышав великий шум в городе и полагая, что великий князь пришел с войском. Первосвятитель сам почтил погребением достойного инока. Впоследствии, когда святой Иона на место умершего владыки Новгородского Евфимия поставил друга и соименника своего Иону (в феврале 1459 г.) и оба они вместе испросили у великого князя Василия Васильевича милость людям новгородским, оба эти святителя с дерзновением обещали ему испросить у Бога того, что не будут более ордынские цари одолевать Русской державы и великие князья перестанут ходить в Орду на поклонение царям, а начнут самодержавно царствовать в своем отечестве; оба предсказывали Великой Орде разорение, а Русскому царству распространение.

Прошло уже около семнадцати лет, как Исидор бежал из России, и около десяти, как святой Иона начал управлять Русскою митрополиею. Но Исидор все еще не оставлял своих притязаний на эту митрополию. В Риме смотрели на него как на законного первосвятителя России, только незаконно изгнанного, а в Ионе видели честолюбца, который самовольно и святотатственно взошел на кафедру, еще занятую другим. Там, однако ж, понимали, что отнять у Ионы власть над теми епархиями, которые находились во владениях русского государя, решительно отвергшего Флорентийскую унию, нет возможности, а рассчитывали только на епархии русские, находившиеся во владениях польско-литовского короля Казимира, последователя римской веры. В этих видах папа Каллист III (21 июля 1458 г.) по совещании с своими кардиналами и с согласия Исидора положил разделить Русскую Церковь на две части, и ту половину ее, которая состояла в областях Литвы и Польши и заключала девять епархий, именно: Брянскую (Черниговскую), Смоленскую, Перемышльскую, Туровскую, Луцкую, Владимирскую, Полоцкую, Холмскую и Галицкую – отнять у Ионы и предоставить особому митрополиту. Исидор согласился уступить эту часть бывшему ученику своему и протодиакону Григорию, бежавшему вместе с ним из России, а теперь считавшемуся аббатом монастыря святого Димитрия в Константинополе. Бывший патриарх Цареградский Григорий Мамма, лишенный кафедры за приверженность к латинству и проживавший в Риме, рукоположил аббата Григория в епископа и возвел его на степень митрополита «Киевского, Литовского и всей нижней России». Папа Пий II, преемник Каллиста († 8 августа 1458 г.), утвердил нового митрополита своею грамотою (от 11 сентября 1458 г.). И Григорий, снабженный грамотами от Исидора, лжепатриарха Маммы и от папы, отправился на свою паству.

Но еще прежде, нежели новый митрополит прибыл в Польшу и Литву, в Москве, едва заслышали о нем, спешили принять против него свои меры. Великий князь Василий Васильевич написал к королю Казимиру: «Григория от Рима не принимай к себе на место общего нашего отца, митрополита Ионы, новизны не делай, старины нашей не нарушай. А старина наша – еще от прародителя нашего, великого князя Владимира, крестившего Русскую землю, и по этой старине взыскание и принятие митрополитов всегда зависело от великих князей русских, а не от князей литовских. Кто будет нам люб, тот и будет у нас митрополитом на всей Руси, а от Рима митрополиту у нас не быть: мне не надобен». Святой Иона, с своей стороны, послал в Литву к епископам, князьям, боярам и всем православным христианам свои грамоты и двух игуменов: троицкого Вассиана и кирилловского Кассиана. В грамотах, из которых, впрочем, сохранилась только одна – к боярам и панам, святитель похвалял их великую веру и ревность о православии, убеждал стоять и впредь твердо за святую Церковь Божию и за православную веру, советовал сноситься для этого с тамошними князьями и со всею православною братиею; выражал сожаление, что не мог сам за болезнию посетить их, и просил верить всему тому, что будут говорить посланные им игумены. Но эти меры, принятые в Москве против Григория, оказались недостаточными. Правда, два князя киевские, Симеон и Михаил Александровичи, с своею материю да князь ольшанский Юрий Семенович прислали чрез троицкого игумена Вассиана такой ответ: «Мы в рассуждении своего православия смотрим во всем на Бога, и на Его Пречистую Матерь, и на своего господина, цветущего во благочестии православного великого князя Василия Васильевича, а отцом своим и учителем признаем господина нашего Иону, митрополита Киевского и всей России». Но сам король Казимир не последовал совету великого князя Василия Васильевича, изменил Ионе, принял Григория. Король не осмелился воспротивиться папе, который прислал ему свою буллу и наказывал не допускать к себе отщепенца Иону, отнять у него власть над духовенством и мирянами в пределах Литвы и Польши и, если он сам придет туда, то схватить его как отщепенца и противника и скованного заключить в темнице; напротив, принять со всею честию митрополита Григория, передать ему девять епархий, ему порученных, и подчинить ему все духовенство и мирян этих епархий. А литовские епископы, хотя прислали Ионе свои ответы, до нас, впрочем, не дошедшие, и, по всей вероятности, давали обещания не изменять ему, но вместе прислали и копии с тех грамот, какие принес с собою из Рима Григорий от Исидора, Григория Маммы и папы и которые были в высшей степени оскорбительны для Ионы. Кроме того, святитель получил прискорбное известие, что некоторые из этих епископов уже вошли в общение с Григорием и даже служат с ним. Тогда Иона написал к литовским епископам новое послание. Он вооружался против своих врагов – Исидора, ученика его Григория, выдававшего себя за митрополита Киевского и всей России, и Григория Маммы, величавшего себя в своих грамотах «арцибискупом» Константинопольским, и называл всех их отступниками от веры и развратителями православия. Защищал самого себя и доказывал, что он вовсе не отступник, как его называют враги его, что он поставлен в митрополита по правилам святых апостолов и святых отцов и не от трех или пяти епископов, а от всех архиепископов и епископов своей страны. Наконец, замечал литовским епископам, что некоторые из них, как доходят слухи, уже приобщаются Григорию и служат с ним, а таких православная Церковь признает за отступников от своей веры, и убеждал их внимать своему стаду, стоять за православие и, если бы пришлось, даже пострадать за него.