Так, с самого начала путешествия он заинтересовался вопросом о способах переселения растений и животных. Фауна океанических островов, заселение новых земель занимали его в течение всего путешествия, и Галапагосские острова, особенно тщательно исследованные им в этом отношении, сделались классическою землею в глазах натуралистов. Фауна океанических островов является одною из самых ярких иллюстраций эволюционной теории. Так, например, фауна Галапагосов сходна с южноамериканской: те же семейства, роды, – но виды другие, специфические, свойственные только этим островам. Это легко объясняется с точки зрения эволюционной теории: острова заселились американскими видами, которые в новых условиях изменились; отсюда – родовое сходство и видовое отличие. В согласии с этим находится и состав фауны: она слагается из таких животных, которые легко переселяются через море. Так, млекопитающих вовсе нет (за исключением крыс и мышей, вероятно, завезенных кораблями), птиц – 55 видов; ящериц, икра которых, защищенная известковой скорлупой, может выдержать влияние соленой воды, – несколько видов; лягушек, слизистая икра которых гибнет в морской воде, – вовсе нет, и так далее.