В 1438–1439 гг. шла работа так называемого Ферраро-Флорентийского собора, на котором разбирался вопрос об унии западной и восточной церквей. Лишь с огромными усилиями, преодолевая сопротивление части православного греческого духовенства, прибегая к угрозам, подкупу и прямому насилию, папистам в 1439 г. удалось подписать акт об унии. Участвовал в соборе и митрополит Исидор, проявивший себя как твердый сторонник униатства.