По описанию одного из паломников XVI века, еще в 1581 году стены храма были совершенно целы и раз в году в день рождества святого Иоанна бывала здесь божественная служба. Так продолжалось до 1621 года. Около этого времени прибыл в Иерусалим новый кадий или судья, который, как и все его собратья, скоро прославился своею продажностью и грабительством. Францисканский монастырь выслал для переговоров с ним о уменьшении налогов одного из своих членов отца Фому из Наварры, который скоро успел особенно понравиться и войти в особую доверенность кадия. Пользуясь сим, отец Фома просил его уступить францисканам место рождения Иоанна Крестителя, – тот обещал. За словом последовало дело. Собравши к себе мусселима (градоначальника), муфтия и знатнейших эмиров, кадий склонил их к обещанной уступке с тем однако условием, что еще рассмотрят дело на месте. Тогда с большой свитой он двинулся в Горнюю и, осмотревши развалины, возвратился к «источнику Марии», где под тенью фиг, олив и между кустами роз, сидя на мягком диване, начал свой суд. Он позвал о. Фому с несколькими монахами и объявил им в присутствии мусульман, что во славу и честь такого великого пророка лучше отдать это место христианам, чем быть в нем конюшне, а потому он и отдает эти развалины с прилежащею площадью в вечное владение францисканам с обязанностью выстроить для жителей особую конюшню. Несмотря на неудовольствие мусульман за такое явное покровительство гяурам, место было очищено и обнесено стенами в том же самом году, церковь оправлена на сумму, присланную из Испании, и главный иерусалимский монастырь в благодарность испанцам за их пожертвование предоставил новосозданный монастырь в исключительное владение своих собратий из этого народа, и до сих пор гвардиан или начальник монастыря выбирается непременно из испанцев.