Наивысшим достижением Могилы по укреплению церковной организации стал киевский собор 1640 г., на котором обсуждался проект катехизиса, вопросы обрядов, дисциплины и т. д. Новый катехизис «Православное исповедание веры», написанный Могилой совместно с Исайей Трофимовичем-Козловским был передан на рассмотрение константинопольскому патриарху на соборе в Яссах в 1642 г. и утвержден всеми четырьмя православными патриархами в 1643 г. Это был триумф могилянского кружка и украинского православия, доказавших свою состоятельность в богословских вопросах.