ВЧК задумывалась и создавалась как общегосударственный орган, но до переезда в Москву ее деятельность ограничивалась лишь Петроградом и Петроградской губернией. Во многих регионах России необходимости в территориальных органах ВЧК тогда не было, так как с задачами подавления контрреволюционных выступлений вполне справлялись отряды Красной гвардии и рабочей милиции. Рассматриваемый период совпал с наступлением немецких войск. Поэтому 18 марта 1918 года ВЧК обратилась к губернским и уездным Советам с предложением организовать в регионах чрезвычайные комиссии для борьбы с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности. Жесткой централизации не было: чекистские подразделения действовали как исполнительные органы местных Советов. В целях централизации деятельности по защите интересов государственной безопасности, ВЧК рекомендовала губернским Советам создавать однотипные органы, состоящие из следственной комиссии, секретной части и двух отделов по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией. 11–14 июня 1918 года ВЧК провела в Москве 1-ю Всероссийскую конференцию чрезвычайных комиссий, в которой приняли участие делегаты от 40 губернских и 365 уездных ЧК. Делегаты приняли два обязательных для исполнения документа: «Основные положения организации чрезвычайных комиссий» и «Положение о чрезвычайных комиссиях на местах». Положения вводили принцип централизации и единую структуру местных ЧК, определяли их состав, функции и права.

В структуру ВЧК в этот период входили: Президиум ВЧК; отделы Иностранный, Контрреволюционный, Спекулятивный, Преступления по должности; Военный штаб; вспомогательные отделы: Хозяйственный (денежное и провиантское довольствие), Комендантский (охрана зданий ВЧК, справочное бюро для населения) и Автомобильный. 28 октября 1918 года утвердил ВЦИК «Положение о ВЧК и местных чрезвычайных комиссиях», расширяющее штат органов ВЧК. Новое положение, вводившее единство организационных и правовых принципов, обсудили делегаты 2-й Всероссийской конференции чрезвычайных комиссий 26–30 ноября в Москве. ВЧК объявлялась центральным органом, объединявшим деятельность местных чрезвычайных комиссий и ведущим непосредственную борьбу с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на всей территории РСФСР. Свою работу она должна согласовывать с Наркоматом внутренних дел и Наркоматом юстиции. 28 октября 1918 года на базе отдела по борьбе с контрреволюцией был образован Секретно-оперативный отдел ВЧК. 23 декабря 1918 года он был разделен на Секретный и Оперативный отделы ВЧК. Они по заявкам других отделов производили обыски, аресты, устраивали засады. В январе 1919 года Иногородний отдел ВЧК был реорганизован в Инструкторский отдел ВЧК. Он обеспечивал связь с местными ЧК. Для борьбы с контрреволюцией в промышленности и обработки экономической информации 30 сентября Коллегия ВЧК приняла решение о создании Специального отдела ВЧК. Им руководил Тер-Габриелян, бывший председатель ЧК Бакинской коммуны.

9 апреля 1918 года президиум ВЧК поручил отделу борьбы с контрреволюцией проведение контрразведывательной работы в Красной Армии. Попытка командующего Восточным фронтом левым эсером Муравьевым поднять мятеж ускорила процесс создания контрразведки в армии. 6 апреля 1919 года ВЦИК утвердил положение о создании «Специального отдела ВЧК и его местных органов» Бюро ЦК РКП(б). С лета 1919 года ВЧК стал координировать оперативную охрану государственных границ РСФСР. 20 декабря 1920 года создается Иностранный отдел ВЧК. Временно исполняющим обязанности начальника ИНО был назначен первый секретарь представительства РСФСР в Эстонии Я. Х. Давыдов (Давтян), а 20 января начальником ИНО стал Р. П. Катанян. 10 мая 1919 года на базе Железнодорожного отдела создается Транспортный отдел, который находился в прямом подчинении ВЧК. Первоначально ВЧК не располагала собственными военизированными подразделениями, но 7 марта 1918 года ей было разрешено формировать собственные боевые отряды сопровождения чекистских операций.

1-я Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий приняла решение о формировании особого корпуса войск ВЧК, Командиром корпуса являлся Ф. Э. Дзержинский. К лету 1918 года корпус уже включал в свой состав 35 батальонов, размещенных в шести военных округах – Московском, Ярославском, Орловском, Беломорском, Уральским и Приволжским. Деятельностью корпуса руководил Военный штаб ВЧК.

С момента создания ВЧК формировалась как военная организация, сплоченная строгой дисциплиной и персональной ответственностью. Организаторы ВЧК уделяли особое внимание не только идеологической обработке сотрудников, но и внешним символам – форме одежды, знакам различия, документам, удостоверяющим принадлежность к секретному ведомству, оружию. По постановлению Совнаркома от 26 июня 1918 года чекисты стали приравниваться по нормам довольствия к военнослужащим. Постепенно в процессе освоения разведывательной, контрразведывательной и оперативно-розыскной работы чекисты стали принимать на вооружение традиционные методы работы спецслужб. Решением ВЧК от 18 марта 1918 года была образована наружная разведка ВЧК. Декретом Совнаркома от 3 апреля 1918 года судебным и следственным органам, в том числе и ВЧК, было предоставлено право просмотра корреспонденции при обязательном согласовании с Народным комиссариатом почт и телеграфа. Одновременно перлюстрацией занимался Военный почтово-телеграфный контроль при Наркомате по военным делам, который направлял в ВЧК представлявшую оперативный интерес корреспонденцию.

В Москве ВЧК стала практиковать прослушивание телефонных переговоров сотрудников иностранных представительств. Поначалу вопрос об агентурной работе вызвал резкое неприятие в чекистской среде. Руководство ВЧК вообще пыталось обойтись без секретных сотрудников и использовать только «идейное содействие советских элементов». В апреле 1918 года коллегия поручила оперативным отделам приступить к разработке положения об агентурной работе. Несмотря на возражения части делегатов, выступавших против создания агентурного аппарата, большинство чекистов выступили за создание секретной службы как основного средства борьбы с контрреволюцией. В «Кратких указаниях ЧК для ведения разведки», принятых конференцией, указывались способы вербовки агентов, рекомендовались конкретные методы (убеждение или принуждение). Предлагались формы вербовки – от прямого предложения до постепенного привлечения к секретному сотрудничеству. В местах заключения инструкция прямо рекомендовала использовать секретных агентов из среды арестованных. В губернских ЧК руководство агентурным аппаратом было возложено на начальников Отделов по борьбе с контрреволюцией, в составе которых учреждались специальные секретные части.

Оперативный учет лиц, уличенных и подозреваемых в контрреволюционной деятельности, осуществлялся оперативными подразделениями центральной и местной ЧК. На учет ставились бывшие кадровые офицеры, владельцы крупной собственности, помещики, бывшие сотрудники царского Министерства внутренних дел, лидеры буржуазных партий. В 1919 года был организован Регистрационно-справочный отдел ВЧК. Сведения на людей, представляющих оперативный интерес для ВЧК, стали заноситься в картотеки. С июля 1919 года отдел возглавлял Я. М. Роцен. С 7 июня 1920 года отдел был переименован в Регистрационно-статистический отдел ВЧК.

21 июня 1919 года следствие было сосредоточено в одном отделе, который стал называться Следственной частью, в ее состав вошло Юридическое бюро, ведавшее систематизацией нормативных актов о ВЧК и выдачей справок по запросам. 13 сентября 1920 года в структуре ВЧК появился новый орган – Управление делами, его начальником стал член Коллегии ВЧК Г. Г. Ягода.

21 сентября 1920 года под руководством Л. М. Брагинского стал действовать Административный отдел, преобразованный позднее в Управление, начальником которого стал бывший начальник особого отдела Западного фронта И. А. Апетер. Управление занималось разработкой структуры органов ЧК, подбором и расстановкой кадров, учетом личного состава, проверкой работы местных ЧК. 29 июля 1920 года Совнарком ввел в состав Коллегии ВЧК новых членов: В. Н. Манцева – Начальника Центрального управления ЧК Украины, В. Р. Менжинского – нового начальника Особого отдела ВЧК, управделами ВЧК Г. Г. Ягоду, начальника Транспортного отдела ВЧК Н. Н. Зимина, заместителя председателя МЧК С. А. Мессенга и заместителя наркома внутренних дел, начальника войск внутренней охраны В. С. Корнева.

26 ноября 1920 года при Президиуме ВЧК создается Специальное отделение по охране партийных и государственных деятелей и правительственных объектов, которое возглавил сотрудник ВЧК, начальник охраны Ленина А. Я. Беленький. Весной 1921 года, одновременно с проведением в России экономической реформы, началась перестройка работы советского государственного аппарата, которая привела к очередным изменениям в системе органов государственной безопасности. Приказом ВЧК от 14 января 1921 года было образовано Секретно- оперативное управление, которое возглавил В. Р. Менжинский. Его заместителем стал Г. Г. Ягода, помощником начальника был назначен А. Х. Артузов.

В Особых отделах ВЧК находилась служба военной цензуры. Инструкция содержала подробное изложение методов перлюстрации и требовала соблюдения строжайшей конспирации. 13 августа 1921 года военная цензура была возложена на Информационный отдел. На Секретный отдел Управления возлагались выявление и борьба с антисоветской деятельностью монархистов, кадетов, меньшевиков, эсеров, оппозиционно настроенного духовенства. Отдел включал работу 9 отделений по различным направлениям. С конца 1920 года, согласно приказу ВЧК, в Секретном отделе постановке на постоянный учет подлежали все выявленные члены небольшевистских партий и других организаций.

Оперативный отдел управления осуществлял ведение наружной разведки и установки. В отдел входили секретариат, оперативное отделение, техническое отделение, активная часть Оперода, отделение обработки материалов, бюро обработки, бюро печати, регистрационно-статистическое отделение, справочное бюро, бюро розыска, бюро статистики, архив. В управление был включен и Иностранный отдел. В течение 1921 года легальные резидентуры были созданы в Англии, Франции и Германии, одновременно осуществлялось развертывание нелегальной разведки. Во внешнюю разведку направлялись опытные члены партии, а основные линии разведывательной работы определялись ЦК РКП(б). Параллельно внешнюю разведку осуществляло Разведывательное управление Штаба Красной Армии. Для координации деятельности двух независимых разведок предусматривался ввод в состав Коллегии ВЧК начальника Разведуправления.

28 марта 1921 года в Секретно-оперативное управление вошел Информационный отдел. На него возлагались задачи организации и обеспечения партийного и советского руководства информацией о политическом и экономическом положении страны и отдельных регионов. Позднее в инструкции для местных органов ВЧК стали указываться источники информации: доклады осведомителей в учреждениях и на предприятиях, уполномоченных ВЧК на местах, сведения о различных происшествиях, следственный и агентурный материал, периодическая печать, народная молва (слухи).

25 января 1921 года было создано Экономическое управление, а на местах – отделы по борьбе с саботажем, спекуляцией и преступлениями по должности. Экономическое управление насчитывало по штату около 400 человек и состояло из Отдела надзора и публичного обвинения, статистико-экономического отдела, 15 следователей, которые курировали деятельность наркоматов и другие центральные учреждения. 28 марта 1921 года при ВЧК был создан Специальный отдел, на который были возложены функции координации и контроля ведомственных шифровальных служб и централизованной организации в государственных учреждениях секретного делопроизводства. 5 мая 1921 года правительство приняло постановление об обязательном исполнении государственными учреждениями распоряжений и циркуляров Спецотдела по вопросам шифровального дела. В 1920 году в отделе были сформированы отделения радиоперехвата, изготовления документов, химическая лаборатория. В августе 1921 года была создана и начала работать Следственная часть Президиума ВЧК. Ей предоставлялось право возбуждения и проведения следствия по преступлениям, совершенными сотрудниками ВЧК, выдачи санкции на высшую меру наказания и конфискацию имущества, надзора за ведением следствия в органах ЧК и содержанием заключенных.

По постановлению Совета труда и обороны от 19 января 1921 года была проведена централизация вооруженных частей и отрядов, состоящих при ВЧК. Они сводились в единые войска ВЧК, на которые возлагалась непосредственная борьба с открытыми антисоветскими выступлениями и бандитизмом. Организационное строительство и руководство войсками осуществляло учрежденное 1 апреля 1921 года Управление войск ВЧК, в которое был включен и Отдел пограничной охраны. К концу 1921 года ВЧК состояла из 7 управлений и отделов. Сложной оказалась организация кадровой работы, так как формировать подразделения ВЧК приходилось «с нуля». Первые трехнедельные курсы по подготовке заведующих отделами, следователей, разведчиков и других специалистов были рассчитаны на 100–120 слушателей. Они открылись в Москве в августе 1918 года. В сентябре 1918 года срок обучения был продлен до двух месяцев, а число слушателей увеличено до 200 человек. Особенностью кадрового состава органов ЧК была многонациональность: русские, украинцы, белорусы, поляки, немцы, финны, чехи, венгры и евреи. К 1919 году ситуация в сфере государственной безопасности несколько стабилизировалась, это вызвало дискуссию о необходимости ограничения прав чрезвычайных комиссий и усиления контроля за их деятельностью.

В середине 1921 года в прессе началось обсуждение вопросов революционной законности. Большинство выступлений сводилось к тому, что должна быть повышена роль традиционных судебных органов в борьбе с контрреволюцией и уголовной преступностью, а практика внесудебного рассмотрения дел чрезвычайными комиссиями прекращена. 23 июня 1921 года ВЦИК издал декрет об объединении всех военных трибуналов республики. Однако, несмотря на окончание гражданской войны и разгром белогвардейских и иностранных армий, внесудебные полномочия чекистских органов фактически остались, хотя они и регулировались в правовом отношении актами высших органов государственной власти (ВЦИК, СНК, СТО). С момента создания ВЧК руководство РСФСР постепенно сформировало систему мер, направленных на введение деятельности органов государственной безопасности в правовое русло, ограничение произвола в деятельности спецслужб.

Однако поток жалоб и обращений о самоуправстве и незаконных действиях центральных и местных органов государственной безопасности не ослабевал. Особой жестокостью отличались чрезвычайные комиссии на Украине. Правительство было вынужденно назначить председателем Всеукраинской ЧК М. Я. Лациса. Однако спустя два месяца Лацис сообщил председателю Совнаркома, что «чистка» невозможна, поскольку заменить «малоспособных и малонадежных» некем. Многие чекисты открыто демонстрировали нарушения правовых норм, демагогически прикрываясь принципом классовой целесообразности в деятельности ВЧК. Грубейшие нарушения законности органы ВЧК допускали в сфере борьбы с буржуазными и мелкобуржуазными партиями и течениями. Деятельность спецслужб тормозила проведение политических и экономических преобразований в стране, а перед руководством РСФСР остро встал вопрос о необходимости реорганизации ВЧК. 1 декабря 1921 года Политбюро ЦК ВКП(б) постановило преобразовать Всероссийскую Чрезвычайную Комиссию. Выступивший на IX Съезде Советов В. И. Ленин сказал о необходимости подвергнуть ВЧК реформе, «определить ее функции и компетенцию и ограничить ее работу задачами политическими». 6 февраля 1922 года был принят декрет об упразднении ВЧК и создании политических отделов (ГПУ) при ЦИК РСФСР. Название спецслужбы – ГПУ продержалось недолго. 2 ноября 1923 года ЦИК учредил при Совнаркоме СССР Объединенное государственное политическое управление (ОГПУ), а 15 ноября утвердил «Положение об ОГПУ и его органах». Председатель ОГПУ был введен в состав советского правительства и, в соответствии с Конституцией 1924 года, ОГПУ приобрело статус союзного наркомата.