Сигизмунд Кёлле работал в Западной Африке, а именно в Сьерра-Леоне и Либерии. Эти места были уникальными для изучения африканских языков: именно здесь были основаны поселения освобождённых в Америке рабов, происходивших из различных частей Африки. Работая здесь, можно было одновременно пользоваться материалом десятков языков. Первые работы по языкам жителей Сьерра-Леоне были выпущены в начале XIX в., однако труды Кёлле существенно превзошли все предшествующие описания по уровню анализа. В 1854 г., после его возвращения из Африки, в Европе были опубликованы сразу четыре монографии Кёлле, из которых, пожалуй, наибольшую известность получила его «Polyglotta Africana», монументальная коллекция глоссариев из примерно трёхсот слов и фраз на 167 языках Западной Африки [Koelle 1854]. Тысяча двести страниц «Полиглотты» Кёлле по сей день остаются почти неисчерпаемым источником сведений о языках Африки XIX столетия, даже несмотря на множество ошибок, за которые справедливо критиковали Кёлле уже его современники. Благодаря работе Кёлле, во-первых, удалось составить весьма точную этнолингвистическую карту Западной Африки. И во-вторых, Кёлле, в чьи задачи не входило сравнение столь обширных данных, всё же попытался вычленить некоторые крупные объединения языков региона по генетическому принципу. В частности, некоторые из групп, выделенные им, соответствуют современным представлениям:

«северо-западные атлантические языки» – атлантической семье языков;

«северо-западные верхнесуданские» или «манденга» – семье языков манде;

«северо-восточные верхнесуданские» – семье языков гур.

Прослеживаются в работе Кёлле и другие признанные ныне генетические объединения – так, три подгруппы «верхнегвинейских языков» в его «Полиглотте» соответствуют нынешним языкам семьи кру, группы гбе (семья ква) и группы йорубоидных языков семьи бенуэ-конго. Кёлле составил также подробную грамматику, сборник текстов и словарь языка канури – первое системное описание языка сахарской семьи.

По стопам С. Кёлле шёл его соотечественник, немецкий лингвист Г. Штейнталь, которого можно назвать основоположником сравнительного изучения языков манде. В своей работе [Steinthal 1867] он подробно исследовал основные языки семьи манде (манинка, сусу, ваи и др.) и установил их тесное родство на основании лексических и грамматических изоглосс.

Если Кёлле охватил своим исследованием преимущественно языки прибрежной зоны Западной Африки, то работа Г. Барта «Собрание и обработка центральноафриканских словарей» [Barth 1862] посвящена языкам глубинной, малоисследованной к тому времени части региона. В его работе содержатся словари и грамматические очерки некоторых крупных языков современных Нигерии, Мали, Чада и Нигера: это атлантический язык фула, чадские языки хауса, лагван и вандала, сахарские теда и канури, центральносуданский багирми и изолированный нило-сахарский язык маба. При этом Барт указывал на определённые признаки родства как чадских, так и сахарских языков.

Немец Г. Кёлер в тот же период стал первым исследователем языка иджо (1848), его соотечественник Б. Шлегель издал первый труд по языку эве (1856). Первые исследования в области нилотских языков (в первую очередь маасаи) принадлежат перу немецких учёных фон Эвальда и Крапфа, последний также является автором исследований по кушитским языкам, в т. ч. оромо и сомали.

К середине XIX в. относятся первые попытки создания транскрипции для записи сложных для европейца звуков африканской фонетики. В 1848 г. в Лондоне вышла в свет памятка для миссионеров, авторы которой попытались унифицировать системы записи специфических африканских фонем. Несмотря на то что этот труд состоит всего из шести страниц, он стал известен и был воспринят многими ведущими исследователями (включая и С. Кёлле), и явился фундаментом для разработки универсального фонетического алфавита для записи языков Африки. Спустя несколько лет, опять же по просьбе лондонской миссионерской администрации, известный исследователь языков Северной Африки Карл Рихард Лепсиус издал «Стандартный алфавит для унификации записи бесписьменных языков и приведения их к единообразной орфографии, основанной на европейской графике». Лепсиус придерживался принципа «одна фонема – одна графема» и для его соблюдения ввёл в оборот большое количество диакритических знаков, что впоследствии стало препятствием для записи тонов. Позже на основе алфавита Лепсиуса свой универсальный фонетический алфавит предложил К. Майнхоф, а в 1920-х гг. Д. Вестерман, недовольный обилием сложных символов в Международном фонетическом алфавите (International Phonetic Alphabet, IPA), предложил для записи африканских языков усовершенствованный, но весьма простой в использовании алфавит. Его система, использующая удвоение гласной для показателя долготы и французские «акценты» для обозначения тонов, используется большинством африканистов по сей день. Тем не менее быстрое развитие теории фонологии позже потребовало множества нововведений как для транскрипции отдельных языков, так и для обозначения региональных фонетических явлений.

Множество исследований, вышедших в свет в середине XIX в., продемонстрировали европейским учёным, что африканские языки, во-первых, чрезвычайно многочисленны (языковая чересполосица удивляла всех первых африканистов) и, во-вторых, столь же разнообразны. Более того, составители первых сводов данных по языкам Африки не могли не отмечать, что большая плотность различных по словарю и структуре языков в Западной Африке и Судане резко контрастирует с единообразием языков банту Юга Африки. Эти мысли привели к необходимости разработать единую генетическую классификацию языков континента наподобие той, что уже существовала для индоевропейской, семитской, уральской и других языковых семей Евразии.

В 1880-х гг. выходят в свет сразу две гипотезы смешанной ареально-генетической классификации языков Африки. К тому времени европейские исследователи имели возможность работать уже не только в прибрежных, но и во многих глубинных районах Субсахарской Африки, что, безусловно, резко повысило и количественный уровень данных, и качество анализа. В 1883 г. Роберт Каст опубликовал своё исследование «Обзор современных языков Африки» [Cust 1883], где обосновал деление языков континента на шесть подразделений: семьи семитскую и банту, а также группы хамитскую, нуба-фула, негритянскую и готтентото-бушменскую. При этом термин «семья» относился к языкам, чьё родство представлялось доказанным, в то время как «группа» могла объединять идиомы по географическому признаку. Примерно такая же классификация была независимо предложена К. Р. Лепсиусом, который разделил все языки южнее Сахары на готтентотские, негро-банту и негро-смешанные – при этом под последними подразумевалось всё языковое многообразие Западной и Центральной Африки; о большинстве языков этого региона у учёных того времени было лишь весьма поверхностное представление.

Основным показателем родства между языками Западной и Южной Африки в то время считался типологический: наличие системы именных классов и классного согласования, особенно образуемого с помощью префиксальных морфем. Позднее на основании наличия и внешнего сходства именных классных аффиксов родство с языками банту предполагали для самых разных языков Западной Африки. Так, немецкий миссионер и лингвист Г. Кристаллер писал, что родству языков эфик, йоруба, ашанти [акан], темне… может быть найдено много доказательств. Однако это были пока лишь эмпирические заявления, основанные на внешнем сходстве именных согласовательных систем различных языков. На многие десятилетия вперёд наличие или отсутствие систем именной классификации в африканском языке стало считаться основным показателем его генетической принадлежности: остатки этого мировоззрения мы можем иногда наблюдать и в работах сегодняшнего дня. Таким образом, основную роль при сравнении играла структурная типология, что с точки зрения сравнительного метода в корне неверно.

Столь некорректный подход к классификации, впрочем, ни в коем случае нельзя ставить в вину учёным XIX в. При отсутствии сколько-нибудь надёжных сведений об абсолютном большинстве языков Африки лингвистам того времени приходилось работать с крайне скудными, обрывочными и нередко неаккуратными данными, которые не давали возможности провести качественный сравнительный анализ на массиве такого масштаба, который был доступен исследователю индоевропейских или семитских языков.

Другим заблуждением конца XIX в. и начала XX в. в африканском языкознании стала концепция о существовании в Субсахарской Африке большого количества т. н. смешанных языков, возникших в результате конвергентного развития. Об этом, в частности, много писал немецкий учёный Карл Майнхоф, полагавший, что языки Западной и Центральной Африки могли быть результатом влияния более северных языков на гетерогенные языки Великого Судана. Именно тогда в литературе появляется термин «языки полубанту» (Semi-Bantu languages), введённый в научный оборот Адольфом Шлейхером. Так стали называть большое количество языков Западной Африки, обладающих чертами, роднящими их с языками банту.

Концепция «смешанных» языков сыграла скорее деструктивную роль в объяснении генетического происхождения языков Африки южнее Сахары. Во-первых, механизмы, приводящие к образованию «смешанных языков», так и не были удовлетворительно объяснены. Во-вторых, это поверхностное объяснение приводило к тому, что «смешанным» возможно стало объявить любой язык, носящий типологические характеристики, свойственные, к примеру, берберским языкам Северной Африки и языкам банту Южной Африки.

К началу XX в. практически все крупные языки Африки были исследованы европейскими лингвистами, хотя и в различной степени. При этом в африканском языкознании продолжала господствовать немецкая школа. В Великобритании изучение африканских языков практически целиком находилось в руках миссионерских объединений, а французские исследователи работали скорее над тем, чтобы привить африканцам свой язык, так как государственная политика полной ассимиляции колониального населения не приветствовала даже изданий книг на африканских языках. В то же время Германия была сосредоточена на чисто научном изучении языков Африки. Как говорил в 1881 г. английский лингвист Р. Каст, по мнению англичан, языки изучаются, а книги пишутся для практических целей, при этом они не думают ни о романтике, ни о науке. Те, кто прожил четверть века в Индии, не заботятся о том, чтобы изучить организм языка, используемого там в быту. Поэтому Англия в долгу у Германии за всё то, что сделали её учёные.

Германия стала первой страной Европы, где изучение африканских языков перешло от миссионеров в руки учёных, подчас буквально: самые выдающиеся деятели немецкой школы Карл Майнхоф и Дидрих Вестерман начинали как миссионеры. В Германии же африканские языки впервые удостоились университетского уровня изучения. В 1887 г. канцлер Отто Бисмарк дал указание создать в Берлинском университете Семинар восточных языков с африканским отделением в составе. Правда, семинар как раз имел чисто практические цели: на нём проходили подготовку будущие чиновники новообретённых германских колоний в Африке. Там же начал выходить и периодический «Журнал африканских языков», где публиковали свои труды и заметки учёные и путешественники разных стран. В частности, именно здесь были опубликованы материалы российского путешественника В. В. Юнкера, составившего словари нескольких неизученных языков Центральной Африки в ходе своего второго путешествия в 1879–1896 гг.

Но основным автором журнала являлся К. Майнхоф. Возглавив в 1903 г. африканское отделение семинара, он вскоре опубликовал свои самые значительные работы – «Основы сравнительной грамматики банту» [Meinhof 1899–1906] и второе издание «Основ языкового строя языков банту» [Meinhof 1910], окончательно доказав предположения своих предшественников, что языки банту являются единой семьёй близкородственных языков, распространённых на всём пространстве Африки южнее экватора.

После завершения работы над языками банту Майнхоф переключил своё внимание на языки Севера Африки, выдвинув вскоре «хамитскую» теорию, на десятилетия ставшую чрезвычайно популярной в языкознании [Meinhof 1912].

Термин «хамитские языки» по отношению в языкам Северной Африки был выдвинут ещё К. Р. Лепсиусом в середине XIX в.: явные сходства между семитскими и берберскими языками перекликались с известной библейской легендой о трёх сыновьях Ноя – Симе, Хаме и Иафете, чьи потомки разошлись по разным регионам мира. Примерно тогда же стало очевидным и родство семитских и хамитских языков с древнеегипетским (этот вопрос был разработан А. Эрманом, К. Зете, Г. Циммерном и другими), что привело к выделению семито-хамитской семьи (ныне афразийской) языков. В начале XX столетия работы по языку хауса и кушитским языкам обнаружили очевидные сходства между ними и другими семито-хамитскими языками.