Конец правлению касситской династии положило нашествие эламитов. Последний касситский царь Эллиль-надин-аххе был уведен в плен. Наместником Вавилона был назначен эламский ставленник, а эламиты продолжили свои грабительские походы на юг и север страны.

В дальнейшем Вавилония подверглась новым опустошительным нашествиям различных семитских племен: арамеев, сутиев, ассирийцев, халдеев.

Впервые халдеи упоминаются в 878 году до РХ в анналах ассирийского царя Ашшурназирпала II. Они жили на берегу Персидского залива, в районе болот и озёр вдоль нижнего течения Тигра и Евфрата. Это были семитские племена, говорившие на арамейском языке. Слово «халдеи» неоднократно упоминается в Библии – например, в Книге пророка Аввакума и в Книге Юдифи (5:6). Халдеями в древнем мире также называли колдунов, магов, гадателей, астрологов. По одной из версий, халдеями-магами были волхвы, пришедшие поклониться родившемуся Иисусу. Все халдейские племена вели полукочевой образ жизни и занимались скотоводством, рыболовством, а также земледелием. Они жили родами, под управлением своих вождей, известных из клинописных источников:

В 744 году до РХ ассирийский царь Тиглатпаласар III (745—727 до РХ) вторгся в Вавилонию и нанёс поражение союзным ей халдейским племенам на территории от Сиппара до болот Персидского залива, принял титул «царь Шумера и Аккада». Вавилонии пришлось признать над собой власть Ассирии. Жреческие круги, чиновники и купцы вавилонских городов постепенно превратились в прочную опору ассирийского господства, а инициатива в борьбе за независимость страны перешла к халдеям и низам городского населения. В 732 году до РХ прекращение вавилонской династии послужило сигналом к борьбе между Ассирией, халдеями и Эламом за вавилонское наследство.

Когда наступил упадок ассирийского могущества, халдеи к концу VIII века до РХ появляются в древних городах Уре (отсюда в Библии появляется выражение «Ур Халдейский», Быт. 11:28), Ниппуре, Кише, Куфе и Сиппаре. У них возникают тенденции к объединению. Правитель Бит-Якин уже носит титул царя халдеев. После смерти Улулая против ассирийского владычества выступил халдейский царь Мардук-апла-иддин II и, овладев Вавилоном, правил в нём 12 лет. Дальнейшая борьба халдейских вождей с Ассирией закончилась в пользу ассирийцев.

В 691 году до РХ ассирийский царь Синаххериб выступил в очередной поход против мятежного города. После битвы у города Халуле, он по неясным причинам приостановил продвижение; но в 689 году до РХ ассирийцы появились у стен Вавилона. После отказа жителей города сдаться добровольно, Синаххериб взял его силой; царь Мушезиб-Мардук был взят в плен. Солдаты ворвались в город и устроили массовую резню; уцелевших горожан продавали в рабство или выселяли в другие области Ассирийской державы. Армия грабила Вавилон, реликвии вывозились в Ассирию. Обезлюдевший город был подвергнут тотальному разрушению; солдаты уничтожали храмы, дворцовые сооружения, жилые дома, некоторые постройки срывали под фундамент; зарево пожара было видно за десятки километров. Наконец, по приказу Синаххериба, по улицам Вавилона были пущены воды Арахту, превратившие эту территорию в болото, а сама земля, на которой стоял священный город, была проклята на 70 лет. Было ликвидировано и Вавилонское царство; его земли, в основном, были разделены между халдейскими княжествами.

Разрушение Вавилона имело негативные последствия для ассирийской власти. Многие, прежде лояльные представители местной знати перестали поддерживать Ниневию, а в сознании рядовых жителей Месопотамии действия Синаххериба выглядели кощунством. Опора царя на военные круги, больше заинтересованные в сиюминутном обогащении, чем в долгосрочной экономической политике, привела к тому, что Ниневии всё труднее было находить сторонников из числа региональной элиты, для которой Ассирия всё больше приобретала образ кровавой тирании, жившей за счёт террора и ограбления подвластного населения. В самой Ассирии всё отчётливее проступали черты общего кризиса: разорение рядовых земледельцев, разложение армии, ассимиляция коренного населения пришлыми арамейскими племенами (формирование современных ассирийцев), нарастающий сепаратизм и конфликты внутри правящего дома – заставляли царя искать выход и союзников на местах. В последние годы Синаххериб резко изменил внутреннюю политику, назначив наследником Асархаддона, за которым стояла другая, так называемая вавилонская партия, опиравшаяся на аристократию, жречество и крупный бизнес.

После убийства Синаххериба в 680 году до РХ у власти закрепился Асархаддон. Возрождение ассиро-вавилонского дуализма могло стабилизировать государство, привлечь на сторону царя могущественную и более многочисленную нижнемесопотамскую аристократию, укрепить подорванную экономику; поэтому Асархаддон сразу начал кампанию по восстановлению Вавилона. Работы заняли около 20 лет; для их осуществления было привлечено большое количество ресурсов и лучшие архитекторы Ассирийской державы; многие здания отстраивались даже с большей пышностью в сравнении с тем обликом, который они имели до разрушения. При этом семидесятилетнее проклятье удалось обойти, истолковав начертание соответствующего числа как «10». В город постепенно возвращались уцелевшие жители, знать восстанавливалась в привилегиях, происходило возрождение общественных институтов. За столетия потрясений численность этнических вавилонян сократилась; они всё больше смешивались с халдеями, которые уже составляли большинство населения Нижней Месопотамии. К тому времени халдеи сильно вавилонизировались; смешение же двух народов привело к тому, что в соседних странах вавилонян всё чаще именовали халдеями