Сохранились лишь фундаменты стен домов, выложенные из речных камней, сами стены возводились из необожженного кирпича. Дома, скорее всего, были одноэтажными. В ходе раскопок была обнаружена как плоская, так и изогнутая черепица. Планировки домов существенно отличались друг от друга. В Марцаботто существовала хорошо отлаженная система водоснабжения и канализации. На соседнем холме располагался небольшой резервуар с каменными блоками в форме труб, а среди домов in situ были обнаружены круглые в разрезе терракотовые трубы.
Во дворах многих домов имелись глубокие колодцы, стенки которых выкладывались сухой кладкой; колодцы закрывались каменными плитами с круглыми отверстиями; была также обнаружена прекрасная терракотовая облицовка верхней части колодца. Выходящие из домов канализационные трубы прокладывались вдоль улиц в глубоких рвах, стены которых были облицованы камнем, а сами рвы закрывались большими каменными плитами. Жилая часть города, лавки и ремесленный район в Марцаботто не отделялись друг от друга. Обнаруженные в ходе раскопок веретена указывают на развитие местного ткачества; квартал гончаров можно узнать по остаткам печей для обжига изделий и небольшим гончарным кругам. В тех домах, где были найдены инструменты и кучки шлака, располагались мастерские, в которых работали с металлом. Религиозный центр города находился на небольшом возвышении к северо-западу от жилой зоны. Холм венчали пять священных сооружений, расположенных на одной улице и ориентированных на юг. Храмы стояли на возвышении, некоторые имели одну целлу, другие были трехчастными. К северу и востоку от города находились некрополи. Гробницы сооружались из каменных плит и накрывались насыпными курганами.