У людей с врожденной фруктозной недостаточностью понижено содержание фермента, перерабатывающего фруктовый сахар. Фруктоза накапливается в непереработанном виде в клетках, что вызывает различные нарушения в их работе. Если же непереносимость не является врожденной, а развивается с возрастом, то в этом случае вероятной причиной может быть нарушение всасывания фруктового сахара в кишечнике. Часто это связано с пониженным количеством транспортных каналов в стенке кишечника (дефицитом переносчика фруктозы GLUT5). В случае поступления даже небольшого количества фруктового сахара, например одной груши, переносчики фруктозы уже перегружены, и избыток фруктового сахара (как и в случае с лактозой) направляется в полость толстого кишечника.