Отдельно следует отметить написанные в конце XIX века работы известного историка флота Ф.Ф. Веселаго по истории российского Военно-Морского Флота – «Краткая история русского флота» и «Очерк русской морской истории». В «Краткой истории русского флота» полностью раскрыт процесс истории и развития русского флота от Древней Руси до воцарения Николая I. В данной работе также поднимается тема боевого применения военных речных флотилий в ходе русско-турецких войн, начиная от петровского периода и до правления Александра I включительно. В «Очерке русской морской истории» показан процесс создания российского регулярного военно-морского флота при Петре I. Применительно к исследуемой теме в нем рассмотрено создание и боевое применение речных флотилий в ходе Азовского похода 1696 года и Каспийского похода 1722–1723 годов.

Историография изучаемой проблемы начала XX века представлена фундаментальными работами крупных военных и военно-морских исследователей, таких как исследование генерал-лейтенанта А.К. Баиова «Русская армия в царствование императрицы Анны Иоанновны», научные труды И.И. Белавенца «Очаков» и Н. Епанчина «Очерк похода 1829 г. в Европейской Турции».

Отдельного внимания заслуживает исследование Н.Д. Каллистова «Русский флот и двенадцатый год». В нем подробно описан деятельность и вклад в победу российских войск в Прибалтике речных военных флотилий созданных и действовавших на реках Западная Двина и Аа в ходе Отечественной войны 1812 года.

Советская историография изучаемого вопроса довоенного периода представлена работа Е.В. Тарле «Крымская война», в которой детально показаны причины, обстоятельства и ход начального периода Крымской войны, когда успешно проявила себя Дунайская военная флотилия. В этой работе частично показана деятельность Дунайской флотилии в ходе кампании 1853–1854 годов. К научным работам, касающихся темы боевого применения речных флотилий довоенного периода, относятся следующие исследования. Работа генерала от инфантерии А.М. Зайончковского «Мировая война. Маневренный период 1914–1915 годов на русском (европейском) театре», повествует о боевых действиях на приречных флангах в бассейне рек Припять и Днепр, также в ней приведен анализ проблем возникших вследствие отсутствия там российских военных речных флотилий. Аналогичным вопросам посвящены работы Г.К. Королькова «Форсирование реки Вислы армейским корпусом» и «Форсирование рек пехотной дивизией».

В работе Ю.А. Степанова «Минирование реки Западной Двины 1916–1917» изложены последствия отсутствия на этой реке военной речной флотилии и напрямую приходят аналогии с Отечественной войной 1812 года, когда там была и активно действовала речная военная флотилия в отличие от кампании на Западной Двине в годы Первой мировой войны. Надо отметить, что в 1812 году, Двинская военная флотилия выполнила поставленные командованием задачи, в результате чего кампания окончилась удачно, в отличие от периода 1916–1917 годов, когда флотилия в данном районе не была создана, что и привело к возникновению указанных проблемам.

Послевоенная историография изучаемой проблемы включает в себя такой фундаментальный труд как «Боевая летопись русского флота», написанный под редакцией Н.В. Новикова и изданный Институтом истории Академии наук СССР, в котором глубоко изложено становление и развитие российского регулярного Военно-Морского Флота в дореволюционный период. В нем подробно изложена история русского флота от Древней Руси до окончания Первой мировой войны, приведены краткие описания действий речных военных флотилий, начиная от Азовского и Каспийского походов Петровской эпохи, русско-турецких войн от периода правления Анны Иоанновны и Екатерины II, заканчивая русско-турецкими войнами XIX века и Первой мировой войной.

Однако в этой работе ничего не сказано о деятельности Амурской флотилии в ходе русско-японской войны и последующий дореволюционный период.

Фундаментальными исследованиями, касающимися изучаемой темы, являются работы Е.В. Тарле «Экспедиция русского флота в Архипелаг в 1769–1774 гг.» и указанная выше «Крымская война», переизданная в силу своей актуальности в послевоенное время. В исследовании «Экспедиция русского флота в Архипелаг в 1769–1774 гг.» подробно анализируются не только причины указанной первой русско-турецкой войны Екатерининской эпохи, но и действия флота и Дунайской флотилии в ходе нее.

В работе В.П. Лысцова «Персидский поход Петра I 1722–1723» подобно рассказано о создании Каспийской флотилии, ее участие в Каспийском походе Петра для завоевания Дагестана и выхода к Каспийскому морю. В работах А.И. Сорокина «Русско-японская война 1904–1905 гг.» и коллективном труде «Краснознаменная Амурская флотилия», повествуется о создании Амурской флотилии и ее деятельности в период русско-японской войны.

Отдельно надо отметить фундаментальное исследование «Флот в Первой мировой войне», написанное под редакцией Н.Б. Павловича. В нем подробно исследуется деятельность всех соединений Российского Военно-Морского Флота в указанный период, включая Дунайскую флотилию. В частности в этом труде подробно описывается ее боевая деятельность в Первой мировой войне, сложный состав флотилии – из морских и речных кораблей действовавших соответственно на морском и речном театре и ее расформирование после Октябрьской революции.

Советская историография проблемы боевого применения российских военных речных флотилий 1970-1980-х годов представлена следующими работами. Прежде всего, это работа Н.И. Беляева «Русско-турецкая война 1877–1878 гг.», в которой подробно описывается деятельность Дунайской флотилии в ходе указанной войны, и в частности, рассказывается о первом боевом применении самоходных мин – торпед, кораблями флотилии. В работе В.А. Золотарева и М.Н. Межевича «История нелегкой победы» в очередной раз поднимается тема русско-турецкой войны 1877–1878 годов, отражена важная роль Дунайской флотилии в достижении в ходе нее нелегкой победы над Турцией в ходе боевых действий на Дунайском театре.

Постсоветская историография проблемы представлена рядом серьезных работ по теме исследования, написанных в 1990-е годы. В научном труде историка Е. Анисимова «Россия без Петра» объективно показана эпоха Анны Иоанновны, причины и ход русско-турецкой войны 1735–1739 годов и главное вклад Донской и Днепровской речных военных флотилий в достижении ряда важных тактических побед над противником. В середине 90-х годов, в трудах вышедших к трехсотлетнему юбилею создания российского регулярного Военно-Морского Флота, таких как «Очерки из истории Балтийского флота» и «Три века Российского флота 1696–1996» подробно описаны основные этапы становления российского Военно-Морского Флота.

В новом тысячелетии по исследуемой проблеме была издана работа Н.И. Черникова «Энциклопедия речного флота», в которой подробно изложены конструктивные особенности кораблей речных военных флотилий, но отсутствует описание боевых действий, в которых они участвовали. В качестве современной историографии исследуемой проблемы представляют интерес монографии Г.А. Гребенщиковой, связанные с деятельностью российского регулярного Военно-Морского Флота в екатерининскую и николаевскую эпохи – «Российский флот при Николае I» и «Черноморский флот в период правления Екатерины II». Но в них, несмотря на основательный анализ причин, и хода русско-турецких войн XVIII и XIX веков отсутствуют данные о действиях в ходе них российских речных военных флотилий.

Источниковую базу исследования составляют документы из фондов Российского государственного архива Военно-Морского Флота (РГА ВМФ), расположенного в Санкт-Петербурге. В фондах архива были подробно изучены отчеты по созданию, строительству и участию в боевых действиях Каспийской, Днепровской, Донской, Дунайской и Амурской флотилий, проанализированы сведения о целях, задачах и боевых операциях, в которых были задействованы указанные флотилии, отмечена роль, которую они выполняли во всех русско-турецких войнах, русско-японской войне и Первой мировой войне.

В частности, в ходе работы с архивными фондами РГА ВМФ, особенно ценными оказались рапорты и приказы маркиза адмирала И.И. Траверсе, который в то время занимался делами Дунайской флотилии, на имя адмирала П.В. Чичагова. Эти материалы посвящены присылке на Дунайскую флотилию канонерок из финского Роченсальма, когда Финляндия была уже присоединена к Российской империи, из Санкт-Петербурга, Севастополя и Одессы (фонд 315 «Материалы по истории русского флота», фонд 25 «Фонд адмирала маркиза Траверсе»). В других рапортах маркиза де Траверсе содержатся данные постройках судов уже на самом Дунае (фонд 315).

В ходе работы были изучены донесения на имя командующего Дунайской флотилией капитана 2 ранга Попандопуло, приказания, направленные ему генерал-лейтенантом Зисом, в ходе кампании 1809–1810 годов, ее участие во взятии Измаила, боевых действиях под Браиловым, взятием Силистрии и Рущука (фонд 243 «Управление Главного командира Черноморского флота и портов Черного моря», фонд 1047 «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», фонд 1048 «Артиллерийская экспедиция при Главном управлении Черноморского флота»). Послевоенная судьба Дунайской флотилии также тщательно рассмотрена в рапортах и других документах ее командующего Попандопуло, ставшего к концу войны капитаном 1 ранга (фонд 243).

Изучив документы фондов 8 «Фонд адмиралов Грейгов», 283 «Инспекторский департамент Морского министерства», 315 «Материалы по истории русского флота», 1047 «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», стало возможным выяснить штатный состав Дунайской флотилии в период русско-турецкой войны 1828–1829 годов. Также благодаря документам перечисленных фондов был изучен вклад флотилии в занятие турецких крепостей на Дунае и успешное завершение войны в 1829 году. В частности, по архивным материалам фонда «Материалы по истории русского флота» было изучено, как благодаря активным боевым действиям Дунайской флотилии в ходе войны российским войскам удалось в ходе кампании 1828 года занять турецкие крепости на Дунае Исакча и Браилов.

Согласно указанным архивным документам, Дунайская флотилия вступила в бой с турецкой флотилией у Мачина и одержала над ней победу. После этого Дунайская флотилия согласно документам фонда «Материалы по истории русского флота» приняла участие в штурме крепости Силистрия, в ходе которого произошла вынужденная смена командующего флотилией – с контр-адмирала Завадовского на капитана 1 ранга Патанийоти. Надо отметить, что взять Силистрию даже с привлечением экипажей Дунайской флотилии и смены командующего на более подготовленного удалось лишь к лету 1829 года. Вскоре после этого война закончилась, и согласно материалам этого фонда, корабли Дунайской флотилии отправились на зимовку в Измаил.

Помимо сведений об участии Дунайской флотилии в боевых действиях архивные документы фондов «Материалы по истории русского флота, «Инспекторский департамент Морского министерства» и «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», свидетельствуют о получении флотилией турецких судов как призовых после ряда побед на Дунае и динамику изменения их численности в ходе всей войны. Согласно имеющимся в них сведениям Дунайская военная флотилия после окончания этой русско-турецкой войны не была расформирована, как и после Бухарестского мира, завершившего русско-турецкую войну в 1812 году, и продолжила свое существование, лишь уменьшив численность корабельного состава.

Документы РГА ВМФ (фонд 410 «Канцелярия Морского министерства», фонд 1075 «Штаб командира Дунайских портов и флотилии») представляющие собой служебные записки, резолюции и донесения командующего Черноморским флотом, начальника штаба Черноморского флота, командующего Дунайской флотилией позволяют узнать ее численность и задачи, которые она выполняла в Крымскую войну. В частности, в этих архивных документах показано, как с помощью Дунайской флотилии удалось переправить российские сухопутные войска и поддержать их огнём орудий своих судов у Галаца. В ходе данной миссии одному из отрядов кораблей флотилии предстояло пройти мимо турецких крепостей Тульчи и Исакчи в Браилов с наименьшими потерями, что и было исполнено. Дунайская флотилия на первом этапе войны (лето-осень 1853 года) полностью выполнила свою роль, и помогла российским войскам занять румынские земли. Флотилия не только перевезла войска и грузы через Дунай, но и вступала в артиллерийские дуэли с противником, ведя ответный огонь по турецким береговым батареям на Дунае.

Анализируя указанные архивные документы фонда «Штаб командира Дунайских портов и флотилии», надо заметить, что руководство страны и командование Черноморского флота и Дунайской флотилии готовились к войне заранее, за год до ее начала. В ходе подготовительного этапа увеличивалась численность флотилии, шло обеспечение ее экипажей обмундированием и экипировкой.