Перед ним возникла и необходимость проведения решительных мер в отношении оппозиционно настроенной группировки в его армии. Осенью этого года Александр впервые столкнулся с таким явлением, как заговор приближённых к нему лиц, намеревавшихся устранить его от власти путём физического его уничтожения и желавших возвести на царский трон приемлемого для них человека. Причин для их недовольства его правлением оказалось довольно много, но основными из них были следующие: во-первых, их не устраивал сам факт продолжения войны. Цели, которые теперь преследовал Александр, были чужды и непонятны им, так как они считали, что воевать дальше уже не для чего. Месть персам за поруганные ими греческие святыни свершилась. Добычи было столько, что её размеры превышали всякое воображение. К примеру, в городе Сузы Александр подарил Пармениону дворец, принадлежащий раньше Багою, знатнейшему и богатейшему персидскому вельможе, в котором только одних одежд оказалось на тысячу талантов. Все сподвижники Александра утопали в богатствах. Всюду были слышны рассказы о том, что теосиец Гагнон подбивал свои сапоги серебряными гвоздями, а Лоннату для его гимнасии привозили песок специальными караванами из Египта. Филот же отличился тем, что пользовался охотничьими сетями длиной в сто стадий. Поговаривали и о том, что все эти люди умащаются в банях отнюдь не оливковым маслом, а драгоценной миррой и что у них огромное множество массажистов и постельничих. Приближённые Александра очень жаждали покоя и наслаждения сытой жизнью, добытой ими славными завоеваниями. Даже рядовые воины его армии, все без исключения, получили в виде жалований, всевозможных раздач и, главное, в результате постоянно учиняемых ими грабежей столько разного добра, что им всего этого вполне хватило бы для безбедного существования до конца своих дней, пожелай они провести их где-нибудь в Македонии или Греции. Перспектива обосноваться не в отчей земле, а в других краях, в новых, построенных Александром городах их не устраивала. Ярким свидетельством тому стал один случай. Когда во время стоянки в Гекаомпиле, в Парфии, кто-то умышленно либо по необдуманности пустил слух о том, что царь всё-таки принял решение завершить поход и возвратиться на родину, воины стали тут же готовиться к этому, пакуя вещи, и в лагере началась такая радостная суматоха, что их едва удалось успокоить. Во-вторых, македоняне заметили, что царь Александр стал отдаляться от них. Приход персов, вчерашних их врагов, в его свиту на высшие посты был явлением совершенно непонятным и неприятным для его рядовых воинов и более чем нежелательным и неприемлемым для всей македонской знати и греческих приближённых Александра. Они понимали, что теряют своё исключительное положение, перестают быть замкнутой правящей элитой и оттесняются на задний план.

Всё это однажды и подвело к созданию персидско-греко-македонской аристократии, но греки и македоняне вовсе не желали спокойно принимать в свою среду чужаков, а тем более персов, да к тому же ещё и делиться с ними почётными должностями, доходами и добычей. Ко всему положение значительно усугубилось и нарочитым усвоением Александром всего персидского. В его поведении всё отчётливее проглядывалось желание в полной мере вкусить от роскоши и власти его предшественников, Ахеменидов. Однако более существенными были политические соображения. Превращаясь в царя Азии, Александр понимал, что, опираясь только на своих македонских дружинников да на греко-македонскую армию, он не сможет сохранить нынешнее своё положение. Ему нужна была поддержка всего населения Ближнего Востока, но в особенности персидской аристократии, сохранявшей, несмотря на военное поражение Дария III, прочные позиции в общественно-политической жизни Передней Азии и в бывшей Персидской державе. Идя по такому пути, Александр выбрал для себя единственно возможную линию поведения – он желал предстать перед своими новыми персидскими подданными и приближёнными как законный преемник Ахеменидов. Естественно, как считал сам Александр, он должен был явиться миру в привычном для персов облике. Для этого он принял их одеяние, облачился в него и потребовал от всех своих приближённых лиц последовать его примеру. Более того, пытаясь подражать персидским властителям, он завёл себе гарем, состоящий из трёхсот наложниц. Постепенно и необратимо при его дворе умеренные и демократические греко-македонские обычаи стали сменяться на торжественный и пышный персидский церемониал. Он с пониманием относился к этим нововведениям и, помня о своём истинном происхождении, старался внедрить в общепринятый персидский образ жизни греко-македонские устои. Для достижения цели он поручил отобрать тридцать тысяч персидских мальчиков и повелел обучать их греческой грамоте и македонским военным приёмам и познаниям. По его приказу греческое воспитание получили и дети Дария III.

По существу, политика Александра должна была привести к полной ликвидации межэтнических различий и слиянию всего населения Восточного Средиземноморья в некое культурно-языковое единство. Но, несмотря на все эти новшества, повседневная реальность виделась греко-македонскому окружению царя однозначно: он превращался в перса и заставлял их становиться тоже персами, врагами греков и македонян. Даже в адресные формулы своих писем он перестал, вопреки греческому обыкновению, вводить благопожелание адресату. Допускаемая им грубость болезненно воспринималась теми, кто получал такие послания. При этом Александр всё же делал исключения, но только лишь для двух людей: Антипатра – опытного македонского полководца, являвшегося теперь наместником всей Македонии, которого он почему-то всегда побаивался, и видного афинского политического деятеля Фокиона, которого очень высоко ценил и всячески старался привлечь на свою сторону.

Почти нескрываемое и искреннее возмущение стал вызывать и факт обожествления Александра, также начавший создавать собой ещё одну очередную пропасть между ним и его греко-македонским окружением. Всё это и породило возникновение в его армии людей, недовольных его правлением. Во всём его огромном лагере стали поговаривать о том, что с победой потеряно больше, чем добыто в войне. Многие уже стыдились себя в одеждах побеждённых. Они считали, что сам царь более всех похож на поверженного, нежели на победителя, и из македонского главнокомандующего уже превратился в сатрапа Дария. Даже среди его ближайших друзей далеко не все следовали его примеру. Так, если Гефестион одобрял царское поведение и тоже изменил образ жизни, то Кратер, заменивший Пармениона, подчёркнуто сохранял верность отеческим обычаям, при этом говоря: «Гефестион – друг Александра, а Кратер – друг царя».

Сам же Александр был хорошо осведомлён о настроениях своих воинов и командного состава, и это внушало ему определённую тревогу. Со временем он стал без стеснения осведомляться о содержании писем своих друзей, дабы знать их мысли и откровения. Как бы там ни было и как бы ни складывались все эти обстоятельства, а известие о готовящемся заговоре против него Александр воспринял как гром среди ясного неба. Обнаружился же заговор вследствие чрезмерной болтливости одного из его активных участников, некоего Димна, легкомысленно открывшего тайну своему возлюбленному Никомаху. Желая покрасоваться перед ним, Димн поведал о том, что через три дня царь Александр наконец-то будет убит, при этом особо выделив, что в этом замысле, помимо него, принимают участие смелые и знатные мужи. Угрозами и уговорами Димн всё же добился от перепуганного Никомаха обещания молчать и присоединиться к заговору. Однако тот сразу после встречи с Димном отправился к своему брату Кебалину и обо всём ему рассказал. Кебалин немедленно поспешил к шатру царя, но не имея туда доступа, стал ожидать подходящего момента. Вышедший от Александра Филот, предводитель македонской конницы, был тут же оповещён им о готовящемся заговоре. По каким-то причинам тот два дня не ставил об этом в известность царя, ссылаясь на его занятость. Заподозрив что-то неладное в поведении Филота, Кебалин сообщил обо всём Метрону, ведавшему арсеналом, который сразу же доложил о заговоре Александру. Димн тотчас же был схвачен, а сам Кебалин был допрошен царём. Узнав от него и о сроках, намеченных заговорщиками для расправы, Александр приказал его арестовать. А услышав о человеке с очень знакомым именем Филот, царь насторожился и стал тщательно обдумывать и сопоставлять известные ему факты, связанные с ним. Прежде ему доносили о нелицеприятных отзывах о нём, допускаемых этим Филотом, считавшим его становление царём и все его победы в важных военных кампаниях своей заслугой и заслугой своего отца Пармениона. Тем временем Димн странным образом успел покончить с собой. После этого судьба Филота и его отца была решена. На требование Александра опровергнуть предъявленное ему обвинение в заговоре Филот отреагировал весьма глупо, попытавшись обратить всё это в шутку. Собранный царём совет единогласно пришёл только к одному довольно категоричному выводу: Филот напрямую причастен к этому заговору и является если и не главным его организатором, то уж явно и совершенно точно активным его участником. По заведённому издревле македонцами обычаю, уже через день, накануне выступления в поход, Александр созвал всех воинов и представил на их рассмотрение дело Филота, прямо обвинив и его самого, и Пармениона в организации заговора. Оправдаться Филоту не удалось. Войска требовали его казни. В наступившую ночь по настоятельным требованиям Кратера, Кэна и Гефестио на Филота подвергли пытке. Не выдержав такого испытания, он признался, что ещё в Египте, когда было совершено обожествление Александра, Парменион и Гегелох, погибший позже в сражении при Гавгамелах, договорились убить царя, но сделать это они решили только после того, как будет уничтожен Дарий III. Расправа с заговорщиками была тут же свершена. Одновременно с этим Александр распустил вспомогательные греческие войска.

Несколько раньше начавшегося похода по указу бактрийского сатрапа Ахеменидов Бесса был убит сбежавший персидский царь Дарий III. Сам Бесс принял титул царя Артаксеркса IV. После смерти Дария III Александру срочно нужно было укрепить свою власть на востоке бывшей Персидской державы.

Назначив сатрапом Парфии и Гиркании парфянина Амминаспа, одного из тех, кто сдал ему без боя Египет, Александр двинулся из Парфии к южным берегам Каспийского моря, желая захватить там наёмников-греков, ранее служивших персидскому царю и теперь бежавших в страну тапуров. Пройдя через лесистые горы, отделявшие Гирканию от южных областей Персии, он занял город Задракарту. Уже в пути к Александру явилась большая группа знатных персидских аристократов, в том числе тысячник Набарзан и бывший сатрап Гиркании и Парфии Франаферн. В Задракарте Александр также выслушал волеизъявление о покорности от Артабаза, одного из ближайших придворных Дария III, прибывшего к нему вместе с детьми. Здесь же появились послы и от греков-наёмников бывшего персидского царя. На требование Александра покориться ему они ответили согласием. Позже часть из них, те, кто поступил на службу к персам до создания Коринфского союза, была отпущена на родину. Остальным Александр повелел наняться к нему на службу.

Из Задракарты он повёл войска в Арию. В городе Сусия, расположенном на границе Парфии и Арии, состоялась его встреча с сатрапом Арии Сатибарзаном. Как и в предыдущих случаях, Александр сохранил за ним его положение, но послал в Арию своего человека, Анаксиппа, с поручением устроить там, в поселениях, сторожевые посты, дабы его воины, проходящие через ту страну, не учинили каких-либо насилий. На самом же деле он хотел обезопасить себя от возможных враждебных выступлений в своём тылу. Как показали все дальнейшие события, у Александра имелись серьёзные основания для такого беспокойства. Сатрап Арии Сатибарзан взбунтовался, и по этой причине Александру пришлось вернуться туда и казнями, разорением поселений, порабощением населения восстановить спокойствие. В результате произошедшего сражения сам Сатибарзан был убит, а арии обратились в бегство.

После этой расправы Александр подошёл к Паромапису – горному хребту на востоке персидских земель. Места здесь были суровые, очень труднодоступные из-за высоких скал и глубокого снега в ущельях и на дорогах. Везде царило безлюдье. Преодолев эту преграду, Александр оказался в Бактрии, где основал ещё один город, поселив в нём семь тысяч своих ветеранов, а также всех воинов, ставших не пригодными для несения службы. Предоставив войскам непродолжительное время на отдых, он двинулся через пустыню, дабы настигнуть и разгромить ещё одного из бунтовщиков – самозванца Бесса. Через несколько дней место его нахождения уже стало известно людям Александра. Бесса выдали его же сподвижники, Спитамен и Датаферн. Схваченный врасплох, он был сразу же отдан на расправу ближайшим родственникам убиенного им Дария III.

В крепостях долины реки Окс Александр разместил свои гарнизоны. А вскоре он взял главный согдийский город Мараканд. Несмотря на это, всюду и постоянно вспыхивали многочисленные мятежи и восстания. Пройдя через всю Согдиану, Александр приблизился к реке Яксарт, где стал спешно строить город-крепость – Александрию Крайнюю.

Отлучиться от этого места теперь он уже не имел возможности. К реке подошли отряды саков. Ожесточённые схватки следовали одна за другой. Согдийцы тоже везде оказывали ему яростное сопротивление. Александру следовало как можно быстрее покорить Среднюю Азию, так как только после этого он смог бы приступить к третьему этапу войны. Он намеревался идти в Индию. Для удобства управления и использования он раздробил свою армию на более манёвренные небольшие подразделения, при этом постоянно дополняя их новыми подкреплениями как прибывающими из далёкой родины, так и сформированными впоследствии из отрядов местной знати. За два года нахождения в Средней Азии он сумел довести численность своих войск до ста двадцати тысяч человек, но всё это было несколько позже, а пока, до начала его похода дальше на восток, оставалось ещё очень много времени.