Третий уровень – функционально-операционный уровень. На этом уровне разрабатываются программные документы, которые консолидируют функциональные (операционные) требования, предъявляемые к взаимосвязанным между собой подразделениям банка. На этом уровне также создается набор методик, инструкций и других документов, регламентирующих функциональные процессы, благодаря которым банк развивает и сохраняет свои исключительные преимущества. Конкретные решения принимаются на уровне руководителей подразделений с учетом имеющихся кадровых ресурсов, информационных систем, технологий и операций.