На этом уровне системный анализ представляет собой метод (способ) рассмотрения проблемы как сложной гиперкомплексной динамической системы, её структурирование, моделирование, выявление ключевых противоречий, мешающих или «запускающих» развитие системы, выбор управленческих воздействий на эти системы для их оптимизации в условиях неопределенности, многофакторности (например, при решении проблем, связанных с национальной безопасностью).
При рассмотрении таких проблем преследуемых целей и решаемых задач обычно бывает много, и они могут быть противоречивыми. В то же время можно выделить типовой алгоритм системного анализа. Рассмотрим его основные этапы.