Дальше тянуть никак не возможно, вымрет город. Уговорились сдать город. Князь Патрикеев со служивыми боярами 15 января 1478 года въехал через распахнутые ворота в Новгород. Жители, кто смог, на площади собрались. Патрикеев их к присяге царю привёл и крест на том целовать заставил. С этого момента все выборные должности в Новгороде упразднялись – посадников, кончанских старост, тысяцких. Народ стенал и плакал. И непонятно было – от утраты новгородских вольностей и свободы или от наступившего замирения и концу голодовки.
В четверг 29 января в город под звон колоколов въехал государь с московской знатью. Царь молебен отстоял в Софийском соборе, главном в городе. А уже первого февраля арестовали купеческого старосту Марка Памфильева. Второго февраля та же участь постигла Марфу Борецкую и её внука Василия. Третьего февраля забрали весь новгородский архив, изучать договоры, особенно с Литвой. Шестого февраля арестовали знатного новгородца Григория Арбузьева, бояре, купцы, да многие знатные люди новгородские притихли, убоявшись. Кое-кто сумел выехать с семьями в свои поместья, оставив дома на слуг. Седьмого февраля из Новгорода в Москву отправился под сильной охраной обоз с арестованными, провожаемый жалостливыми взглядами горожан.
Восьмого февраля Иван вновь посетил город, присутствовал на литии в Софийском соборе. А уже во вторник, 17 февраля, Иван отбыл из города и в четверг, пятого марта, прибыл в Москву как победитель. Новгород с обширными и богатыми землями присоединился к Московскому государству.