Из тонкого кишечника пища попадает в толстый кишечник. Там у человека живет множество бактерий, которые способствуют поддержанию нормального баланса и перевариванию пищи. Кроме того, микробы вырабатывают ряд полезных веществ, необходимых человеку, и защищают наш организм от вредных микробов. При неблагоприятных условиях (кишечная инфекция, длительное лечение антибиотиками и т. д.) баланс кишечной микрофлоры может нарушаться, вредные микробы начинают усиленно размножаться, останавливая рост полезных, такое состояние называется «дисбактериозом кишечника». Также толстый кишечник обеспечивает выведение кала наружу.