Удаление Пирогова в деревню было непродолжительно. В 1862 году его командировали на четыре года за границу для наблюдения за молодыми русскими учеными. Это занятие было ему вполне по душе, и он отдался своим новым обязанностям со всей энергией, служа, по выражению Н. О. Ковалевского, “для русской молодежи не формальным руководителем, а скорее живым образцом, воплощенным идеалом”. Здесь он мог проявить свое искреннейшее желание поднять университет посредством новых деятелей науки. Какое чарующее влияние Пирогов оказывал на молодых ученых, свидетельствуют воспоминания Н. О. Ковалевского, который восторженно отзывается о своем руководителе. Ковалевский вместе с другими молодыми учеными работал в Марбурге, когда туда приехал Пирогов контролировать их занятия. Контроль этот выразился в оживленной беседе с тамошними профессорами, которые, уважая в Пирогове известного ученого, через него сближались с молодыми русскими учеными. А такому сближению русский гуманист придавал огромное значение. В числе посланных для усовершенствования за границу были не только медики и натуралисты, но также филологи и юристы. В отчетах их министерству мы находим указания, что и они считали нужным обращаться к Пирогову за советами и встречали в нем опытного и внимательного руководителя.