Однако недолго продолжалась плодотворная деятельность Пирогова в Одессе. Частью из-за его отношения к прессе, частью из-за одной выходки студентов лицея, пожелавших отпраздновать прочтенное ими в номере газеты “Indйpendence Belge” известие об эмансипации крестьян, выходки, слишком раздутой, Пирогов вынужден был оставить Одессу и 18 июля 1858 года был назначен попечителем в Киевский округ.