Высокая смертность среди заболевших нозокомиальными инфекциями объясняется резистентностью к антибиотикам у бактерий-возбудителей, что обусловлено спецификой лечебных учреждений, где ненароком созданы все условия для естественного отбора наиболее опасных микробов. В стенах больниц выживают бактерии, выработавшие устойчивость ко многим типам антибиотиков и дезинфицирующих средств. Ещё одним фактором особой вредоносности внутрибольничных инфекций является тот факт, что поражают они в основном пациентов с уже значительно ослабленной иммунной системой. В итоге на территории лечебных учреждений встречаются самые опасные бактерии и наиболее уязвимые люди.