Более благополучно обстояло дело в Военно-морском флоте, так как Тимошенко напрямую предупредил наркома ВМФ Кузнецова о необходимости приведения флота в боевую готовность № 1. Кузнецов сразу же установленным паролем быстро отдал соответствующие распоряжения. В результате флот был приведен в боевую готовность за 3—4 часа до начала войны.