Осенью 2004 г. обострились взаимоотношения неоязычников с РПЦ. Это произошло после выступления патриарха Алексия II на церемонии открытия Архиерейского собора РПЦ 3 октября 2004 г., где он поставил неоязычество и терроризм рядом в числе угроз современному миру. Это вызвало немедленную реакцию со стороны КЯТ, который отправил письмо иерархам РПЦ, призывая к сплочению конфессий в борьбе с мировым терроризмом . Не получив ответа, КЯТ обратился 9 ноября в Генеральную прокуратуру РФ с заявлением «О предотвращении экстремистской деятельности и разжигания религиозной вражды со стороны Русской Православной Церкви».