Кроме этого повышение уровня глюкозы меняет состав микробиоты. При избыточном размножении патогенная микрофлора вытесняет сапрофитную. В результате в организме формируется недостаток витаминов, а раздражение и воспаление в кишечнике открывают ворота для токсинов, а иногда в кровь попадают и сами возбудители. Иммунная система реагирует на возбудителей и синтезирует антитела, которые атакуют патогенного агента. Индекс воспаления в организме из-за этого повышается, циркулирующие иммунные комплексы повреждают ткани организма, развиваются аутоиммунные заболевания. Проявления хронического воспаления могут быть видны на коже, в суставах, в матке, щитовидной железе, а в некоторых случаях и в головном мозге и периферической нервной системе.