Однако ее семейная жизнь с Юнгом не отличалась эмоциональной устойчивостью, особенно после того, как ее муж стал придерживаться полигамных отношений. Став матерью пятерых детей (помимо Агаты, Анны и Франца, в 1910 году на свет появилась дочь Марианна, а в 1914 году – дочь Эмма), она была вынуждена принять тот образ жизни, который вел Юнг.
Эмма Юнг не только знала об отношениях своего мужа с молодой Тони Вольф, но и мирилась с подобным положением. Тони Вольф проводила воскресные дни вместе с семьей Юнга в их доме в Кюснахте, а Юнг ездил по вечерам в среду в Цюрих к Вольф.