Потеряв подвергнутых репрессиям братьев (профессор Исаак Шпильрейн был арестован в 1935 году, доцент Эмиль Шпильрейн и член-корреспондент АН СССР Ян Шпильрейн – в 1937 году), мужа, скончавшегося от разрыва сердца в 1937 году, и отца, умершего в 1938 году, Сабина Шпильрейн пережила первую оккупацию немцами Ростова-на-Дону в конце 1941 года. Ее жизнь оборвалась во время второй оккупации города нацистами в июле 1942 года.