Одной из самых значительных работ Василия Косякова, принесшей ему заслуженную известность, стал Морской собор в Кронштадте (1902–1913 гг.), задуманный как памятник героям русского флота. Хотя вопрос о его создании поднимался еще в первой трети XIX века, лишь к концу столетия был создан комитет для сбора средств, большая часть которых пожертвована членами Морского ведомства. Провели два конкурса, которые не дали желаемых результатов. Был отклонен и проект А.О. Томишко. Тогда и обратились к В.А. Косякову. Зодчий, большой знаток византийского искусства, изучив в натуре культовые постройки Константинополя, создал проект по образцу храма Святой Софии – со сходным планом, но иным соотношением частей.