В середине 1899 года врачи нашли у Генриха Брокара цирроз печени и водянку. Посоветовали немедленно ехать «на воды», что могло продлить жизнь на год-полтора. Но он поехал во Францию. Там Брокар, российский француз, миллионщик, провел несколько месяцев и вернулся в Москву. Побыл несколько месяцев в Москве и – опять во Францию. Умер Генрих Афанасьевич Брокар 3 декабря 1900 года в Москве. Отпевали его в католической церкви Святого Людовика, на Лубянке. А похоронили на родине, в местечке Провен, близ Парижа, в фамильном склепе.