Помимо внешнего десинхроноза различают десинхроноз внутренний. Его сущность заключается в нарушении естественных взаимоотношений циркадианных ритмов различных органов и систем. Он может иметь непостоянный характер и возникать в тех случаях, когда человек не придерживается правильного режима труда и отдыха, при сдвиге сна на непривычные часы суток и т. п. Внутренний десинхроноз появляется достаточно легко, но избавиться от него трудно. Так, у одной обследованной больной, отмечавшей плохое самочувствие по утрам и улучшение состояния к вечеру, в утренние часы выявлено расхождение соотношений ритмов сердечно-сосудистой системы, в частности частоты пульса и температуры тела.