исключительной компетенции Совета Федерации относится прежде всего отрешение Президента от должности. На основании выдвинутого Государственной Думой обвинения Президента в совершении тяжкого государственного преступления Совет Федерации принимает окончательное решение по этому вопросу. Совет Федерации также назначает на должности судей Конституционного Суда РФ, Верховного Суда РФ, Высшего Арбитражного Суда РФ. Назначает и освобождает от должности Генерального прокурора РФ, заместителя Председателя Счетной палаты и половину состава ее аудиторов.
Значительную часть исключительной компетенции Совета Федерации составляют вопросы, непосредственно затрагивающие интересы всех или большинства субъектов Федерации. Так, данная палата утверждает изменения границ между субъектами РФ при условии, что субъекты Федерации, чьи границы меняются, дали согласие на данное решение. Совет Федерации одобряет решение субъектов принятием по этому вопросу соответствующего акта.