Семь крупных религиозных соборов созывались с того момента по IX век. Их стали называть Вселенскими соборами церкви. Второй собор, созванный в 381 году, утвердил патриарха вторым человеком в государстве после императора. Третий, собравшийся в 431 году, обсуждал несторианскую секту, члены которой поддерживали мнение Нестория Антиохийского, который считал, что человеческая природа Христа важнее Его божественной природы. Четвертый собор проводился в Халкидоне в 451 году, на нем спорили о двойственной природе Христа. В результате принятого решения египетская церковь отделилась от основной православной и стала называться коптской. К IX веку все основные вопросы учения были разрешены Вселенским собором церкви. В итоге приблизительно до середины XI века собрания стало посещать так мало священников, что они утратили свой обычный международный характер.