Если сотрудник имеет право на бонус, его необходимо выплатить. И даже если в вашу систему мотивации вкралась досадная ошибка и сотрудник, по вашему мнению, без особых усилий заработал огромную премию, сначала нужно ее выплатить, а уже потом менять систему. Это ваша ошибка, а не сотрудника.