Сопротивляется только «кофе». Точнее, не он сам, а бережно охраняющие его мужской род пуристы. Возможно, причина такой настойчивости в том, что кофе долгое время был недоступен малообеспеченным людям и воспринимался как «особенный» иностранный продукт – прежде всего для состоятельных аристократов, которые достаточно умны и образованны для того, чтобы запомнить и правильно употреблять слово – исключение из правил, подчеркивающее экзотичность напитка. До сих пор такие представления отражены в анекдотах, где «кофе» среднего рода обязательно низкопробный и невкусный, а мужского – качественный и настоящий, например: «Вам кофе натуральный или растворимое?»
Но с точки зрения языка «кофе» среднего рода, конечно, намного логичнее.