Более вероятной причиной колебания рода у «кофе» можно считать влияние иностранных языков.
Слово «кофе» могло быть заимствовано несколькими путями одновременно: из английского coffee, нидерландского koffie, немецкого Kaffee или французского café. В нидерландском, немецком и французском это слово мужского рода; в английском же грамматического рода как такового нет, поэтому и внести свою лепту он здесь вряд ли мог. Да и нидерландский, немецкий и особенно французский в XVIII–XIX веках влияли на русский в большей степени, чем английский. Образованные дворяне (и по совместительству главные потребители кофе) того времени обязательно изучали иностранные языки и, возможно, перенесли из них род слова «кофе».
В русском же языке существительные на – о/-е традиционно относятся к среднему роду: окно, крыльцо, золото, бедро, пятно, солнце, ложе, зрелище, подобие, столетие, прошлое и так далее. Слово «кофе» из этой закономерности еще в XVIII веке начало выбиваться – возможно, поэтому и появились формы «кофий»/«кофей»: наращение звука могло быть попыткой преодолеть несоответствие окончания – е тяге слова к мужскому роду. То есть не мужской род «кофе» появился под влиянием форм «кофий»/«кофей», а, наоборот, формы «кофий»/«кофей» могли появиться из-за тяги слова к мужскому роду. Возможно, буква «й» в конце возникла еще и под влиянием слова «чай».