В ноябре 1969 г. следственная комиссия по главе с генерал-лейтенантом Уильямом Пирсом наконец-то начала полномасштабное расследование, в результате которого 28 офицерам, в том числе двум генералам и четырем полковникам, были предъявлены обвинения в совершении в общей сложности 224 тяжких военных преступлений, включая лжесвидетельство, недонесение о преступлении, сговор с целью сокрытия истины, непресечение преступных действий и участие в них. Было установлено, что из 103 военнослужащих роты С более 40 человек принимали участие в массовых убийствах и групповых изнасилованиях и никто не попытался их остановить. Расследование событий в Милай-4 также обнаружило доказательства того, что в ходе той же операции ротой B («Браво») 4-го батальона 3-го пехотного полка было совершено массовое убийство мирных жителей в соседней деревне, но этому делу не был дан ход. Командующий 23-й дивизией генерал-майор Сэмюэл Костер был запоздало понижен в должности до бригадного генерала, однако военный трибунал оправдал всех обвиняемых, кроме командира 1-го взвода лейтенанта Уильяма Келли, который 29 марта 1971 г. был приговорен к пожизненному сроку. Через три дня Никсон распорядился перевести его из тюрьмы «под домашний арест» на военной базе в Форт-Беннинг.