Метод помидора побуждает нас сосредоточиться на выполнении работы. Это может повлечь за собой игнорирование целостной картины и отход от системного мышления [30]. Вот почему зачастую полезно вводить метод помидора в рамки таких процессов, как Scrum [24], XP [6] или GTD [2].